在拉萨东郊10公里，拉萨河南岸，有2座曾是蔡巴噶举派的主寺，靠北的是蔡巴寺，靠南的是贡塘寺；寺院的创始人是蔡巴·喇嘛向·尊追扎巴，他既是一位学识渊博的上师，也是一个崇尚武力的宗教领袖，之后还开创了盛极一时的蔡巴噶举派，并统治过整个拉萨河谷和雅鲁藏布江流域的部分地区，后世把他和宗喀巴（格鲁派）、多吉杰布（帕竹噶举派）合称为藏传佛教史上的“三至宝”。

向·尊追扎巴，公元1122年——1193年（生卒年），蔡巴噶举派创始人，蔡巴噶举是噶举派四大分支之一。

关于蔡巴噶举教法粗传承的历史，在《青史》、《红史》中记载的比较详尽。

据记载，蔡巴噶举派的创始人是尚·卓微工布仁波切，人称“喇嘛尚”、“尚蔡巴”。“尚”不是姓氏，而是吐蕃时期与王室联姻的四大贵族的名号，冠在姓名前，以示显贵。尚蔡巴出生在拉萨河下游查帕楚的那囊氏家族。

据藏文史料记载，尚蔡巴的父亲是一位在家修密法的人（可能是宁玛派），他自小就表现出对佛法的兴趣，他在5、6岁时，听到父亲谈论地狱、轮回之苦，会心生恐惧，就试着询问父亲如何才能解脱，父亲说只有在佛前礼拜、绕行才能济事，于是他就“在祖辈所供奉的经卷前，昼夜不断地礼拜和绕行”。7岁时，由母亲和哥哥教他读写藏文，9岁时开始学经咒，18岁时学修定，之后亲族内部发生侵凌事件，使他转修了3年的咒术（苯教巫术）。不久后，他便去了康区，23岁时受居士戒，又学了1年的驱鬼避灾术；在康区时他渐生厌离心，再阅读完《宝积经》后，而生起大信；接着，他放弃了之前所用的巫术用具，26岁时受比丘戒，法名尊追扎。随后，他在茅蓬中住了1年，修定诵经，在1年内守持蹲坐（不倒卧）和一座食（起座后就不再食）的规矩，除了更换衣服外，基本就衣不解带。在他返回西藏的途中，在瓜译师处受密咒教授、三摩地灌顶、制息术（密法里控制呼吸来修定的一些方法）、六加行等法。在他返回前藏后，用所学来专修，但没有证验，便又依从叶巴哇受那若巴方便道修行，发生“拙火”、“能忍饥寒”，他常住茅屋，经过几年的专修，终“获得证验”。

公元1152年，尚蔡巴谒见塔波拉结（又称冈波巴，塔波噶举创始人，当时已74岁，临死前1年），但学法于贡巴楚臣宁波（塔波拉结的侄子及教法传承人），从受“俱生和合法”，并依贡巴楚臣宁波所教以无分别而修，证得了“真实义”。“真实义”，就是把人间善恶、秽净、美丑、贵贱等一切差别，以及涅槃和轮回、佛和凡夫的所有差别都认为是虚假的幻象，都是人为的分别。

据记载，当尚蔡巴证得“真实”后，曾向他的老师陈述，楚臣宁波肯定了他的“证悟”。后来，他又从奥喀巴学法，使得“慈心”、“悲心”、“菩提心”滋生长养，因此又证得另一种境界。

随后，尚蔡巴在帕木竹巴的主寺丹萨梯寺住了几年。正是在这个时候，他与来自噶尔家族的蔡巴地方领袖嘉哇迥乃结成了施供关系，就是在蔡巴地方势力的支持下，他想修建了一座属于自己的寺院。

公元1175年，尚蔡巴修建了蔡巴寺，蔡巴噶举派由此而得名。建寺的财物，一部分靠乞援而来，一部分是自愿捐献，还有一部分是尚蔡巴用武力抢夺而来，对于那些敢违抗命令的，他就会动用武力讨伐。他的这些超越常理的行为，致使他在藏传佛教中显得非常的特别，他自己解释为：他自己心中全无俗念，他本身和一切世俗的礼法无关，他已经完全到了另一个无分别、无善恶、无生灭的境界，因此，他抢夺财物或发生械斗，都不是出自私心，完全是为了佛法。藏传佛教对他的评论都是褒大于贬，在《青史》中还称赞他“作出了伟大的利他事业”，这种思想、评判标准在藏区以外也很少见到。

公元1187年，尚蔡巴在弟子们的帮助下，又在蔡巴寺附近修建了贡塘寺，两寺合称为蔡贡塘寺，都作为蔡巴噶举派的祖寺。

公元1194年，尚蔡巴圆寂后，他的弟子们就分头建寺授徒，使得蔡巴噶举派的影响不断扩大，但是蔡贡塘两寺一直是蔡巴噶举派的祖寺。

元朝册封卫藏十三万户时，蔡巴万户也是之一，与止贡、帕木竹巴并列为前藏最炙手可热的政教势力集团之一。不过，蔡巴与萨迦、帕木竹巴等不同，它没有形成一个由家族完全操纵派系的政教大权。

据贡噶多吉《红史》记载，同属尚蔡巴的弟子就有噶尔、寨、斯、罗米、吉、吉瓦等不同的家族。每个家族的上师在授徒弘法时，会很注意的去培养自己家族的子侄后裔，每个以寺院为核心的村镇聚落，逐渐形成了以寺主为首的政教体系和管理事俗事务的长官体系。

关于蔡巴噶举的教法世系，各种史料记载出入很大，以《青史》最详细，《红史》条理最清晰，也与《青史》基本吻合，在第5世拉萨活佛《西藏王臣记》的记载就与这两本史料有矛盾的位置，在《王臣记》中以尚蔡巴亲传出身于噶尔家族的弟子为源头，上追溯吐蕃噶尔家族史，下叙述噶尔家族执掌蔡巴万户长职权的脉系传承，书中忽视陈述了对蔡巴噶举教法有重大作用的寨氏家族，书中还把尚蔡巴的接任者弄错，《王臣记》中记载接替蔡贡塘两寺住持的是达玛熏奴，《红史》中记载的是涅麦·释迦益西，《王臣记》还把他们的事迹搞混淆。不过，仔细研究《青史》、《红史》的记载，可以确知，涅麦·释迦益西和达玛熏奴是2个不同的人，而关于达玛熏奴的史料也很有限，只是在列举尚蔡巴若干成就的大弟子中把他列在首位。

东噶·洛桑赤列先生在《红史》注释中说：“达玛熏奴，初为尚蔡巴的近侍弟子，后来因办事精明能干，继而任命他为教民的长官，称为本达玛熏奴”。我们也从相关的记录得知：当时，尚蔡巴至少有2名近侍弟子，涅麦·释迦益西和达玛熏奴，在尚蔡巴去世后，2个人分别奉命执掌蔡贡塘两寺的教法事务和蔡巴地方行政事务。据《青史》《红史》的记载，蔡贡塘两寺的住持，共传承了12代。

关于蔡巴政权的历史，最早可追溯到嘉哇迥乃的儿子桑结欧珠。公元1268年，桑结欧珠被元世祖忽必烈分封为蔡巴万户长，奠定了蔡巴万户的实力基础。桑结欧珠的儿子仁钦坚赞，世袭了万户长一职，他曾进京觐见，元世祖又给他增加了封地，并赐诰命、金印，蔡巴也就与帕木竹巴、止贡巴呈现为三足鼎立的前藏地方势力集团。

在公元13——14世纪，西藏各地方势力集团彼此争权夺利，蔡巴就是一支比较重要的地方势力集团。因为蔡巴和夏鲁有姻亲关系，所以蔡巴和萨迦关系很密切。

仁钦坚赞的长子尼玛喜饶，还曾作为八思巴的随侍人员，接受过元朝的封爵。

公元1352年，贡噶多吉与帕木绛曲坚赞不和，辞去万户长一职，把职位移交给弟弟扎巴喜饶，他自己则依堪钦顿夏巴·桑结仁钦出家，受比丘戒，起法名格微洛追，因为他是闻名全藏的大学者，所以被誉为“遍知司徒”。

在贡噶多吉出任蔡巴万户长时，蔡巴教派早已沦为蔡巴万户的附属，蔡巴政权曾兴盛一时，也就意味着将要走上衰微的末路。

公元1354年前后，帕木竹巴与雅桑巴冲突而引发内乱，萨迦本钦、蔡巴支持雅桑巴，一同对抗帕木竹巴，后来都被帕木竹巴击败，蔡巴的封地几乎全被帕木竹巴夺走，蔡巴万户自此衰歇，蔡巴噶举派也随着衰微。

在元朝末年，蔡巴寺、贡塘寺改为桑普寺的属寺，在格鲁派兴起后，蔡贡塘两寺都改宗为格鲁派，蔡巴噶举派就此绝传。

元朝治理西藏时，除了在中央设立宣政院、任命帝师外，还在地方设立乌斯藏纳里速古鲁孙等三路宣慰使司都元帅府，又下设了若干安抚使、万户、千户等，还在沿途设置驿站，对西藏地区先后进行了3次人口普查，并以此为据，在乌斯藏地区专门设立十三万户，但由于藏、汉史料的记载存在差异，关于十三万户的组成就有不同的说法，不过在藏、汉的记载中都包括了蔡巴万户。

国内外学者对十三万户设立的时间，依据不同的史料和自身的理解，也提出了不同的见解：
石泰安先生认为：“忽必烈成了萨迦派的保护人，并且册封他们统治吐蕃所有的十三万户，此事发生在公元1253年或1260年，也就是忽必烈登基称帝的时候”；图齐先生认为：“十三万户的划分是在第2阶段进行的，当八思巴受忽必烈册封为帝师的时候进行的，也就是公元1270年”；伯戴克先生认为：“万户制的最后建立日期，可接受的是公元1268年”；王森先生认为：“到了1268年，元朝又派阿衮和米林二人进藏，调查了各万户的属民万户，并传旨任命了各万户的万户长”；王辅仁先生、索文清先生认为：“在这次清查后，由元朝中央授权萨迦本钦释迦桑布，任命了十三个万户长，确定了每个万户应该缴纳的贡物品质及数量”；东噶·洛桑赤列先生认为：“公元1268年，忽必烈派遣金字使臣阿贡和米林二人到卫藏清查户籍。公元1272年，结合清查户籍划分了卫藏十三万户，并设立吐蕃宣慰司都元帅府行政管理机构，同时委任了各万户的万户长”；张元先生认为：“十三万户的主体能被正式确立，应在蒙哥汗当政时期。……如果括户所标各万户人口能说明万户最后形成时间的话，那么这个应该是公元1287年”。

以上学者对十三万户建立时间的一些看法，虽然说法各异，但是大致都认为十三万户是在同一时间建立。

而沈卫荣先生认为：“乌斯藏十三万户不是一蹴而就的，很显然它的建立是有一个过程，这个过程与蒙古占领并逐渐有效地统治乌斯藏地区的过程同时并行。乌斯藏十三万户是随着蒙古对乌斯藏地区统治的逐步稳定和坚固而逐次建立起来”。我们对十三万户的概念应该有2种理解，1是概念上的十三万户，2是体制上的十三万户。

元朝是依照乌斯藏各宗派和地方势力所占有土地的大小和属地的分布，也就是以其实力的大小建立了十三万户，而在元朝建立这个行政体制之前，在乌斯藏地区就应当存在十三个或者更多的地方势力雄踞一方，因此，在藏文史籍中，对于十三万户建立的时间存在着不同的说法，这是因为有的万户以地方势力形成的时间为标准，有的是以元朝册封万户、首领为万户长的时间为标准，有的是以元朝括户后正式在乌斯藏建立十三万户这一行政体制的时间为标准，因而出现了差异。蔡巴万户建立的时间应是一个逐步建立的过程。