在拉萨流行一句老话“先有木如寺后大昭寺”，木如宁巴的历史就是一部西藏简史，今天的木如宁巴是一个独一无二的寺院与居民大院的混合体，它仍然是一个属于拉萨人但不属于游人的院落。

木如宁巴寺，又称墨如宁巴、旧木如寺，藏文meru nyingpa，英文Muru Nyingba Monastery，位于今拉萨大昭寺正东，与大昭寺仅一墙之隔，是拉萨现存的有名古寺之一。

木如宁巴的3间拉康（佛堂）在17-19世纪逐渐确定了归属，主建筑属乃琼寺所有，但现在却由哲蚌寺管理；西侧年代较为久远的藏巴拉经堂由木如寺管理；藏巴拉经堂的2楼另外一座佛堂由位于贡噶曲德寺（萨迦派）负责维护。

相传，寺院始建于吐蕃赞普赤·热巴巾时期。
据《西藏王统记》记载：（热巴巾）王之受僧娘·霞坚及少数臣僚等在拉萨东面，建噶鹿及木鹿寺，南面建噶瓦及噶卫沃，背面建正康及正康塔马等寺。有一种说法认为：木如宁巴最初的发音是玛如，意为红色的号角。但这种说法没有有利的书面证据。另一种解释认为，藏语木如的字面意思是红色。

据《西藏王统记》记载，热巴巾的大臣在大昭寺为中心的四个方向分别修建了两座寺院，建在东面的两座一红一白，白寺称为噶如，意为白色，古藏语的红色发音是玛如、木如。

人们便把这座建在大昭寺紧东面的小佛堂，被称为木如、红佛堂，就是现在木如宁巴院的西侧，紧邻大昭寺的藏巴拉经堂，称为财神殿，这座佛堂应该是木如宁巴最早的建筑。

公元840年，热巴巾被人暗杀，他的哥哥朗达玛即位赞普后，就开展了灭佛运动，早期的木如宁巴难逃劫难，遭到了严重的毁坏。藏传佛教后弘期，木如宁巴得到了重兴。

公元16世纪，第3世拉萨活佛时期，木如宁巴该宗为格鲁派寺院。公元17世纪，第5世拉萨活佛扩建了木如宁巴，并把它作为乃琼护法（乃琼寺）在拉萨城的落脚地，每年传召大法会期间，乃琼寺的僧众要聚集在这里举行典礼；主殿扩建为3层，在大院的其他三个方向添建僧舍，大致就形成了现在的规模。

木如演变为木如宁巴，大约是在第13世达赖时期，乃琼护法在小昭寺北兴建了一座木如寺，之后，旧木如寺称为木如宁巴。

由于，木如宁巴经历了多次的修葺、扩建，寺院早期面貌现在已很难得知。总体来说，现有的布局是流行于19世纪前期的格鲁派中小型寺院的布局。

木如宁巴坐北朝南，主要建筑是3层佛殿和绕建的2层僧房都是第13世拉萨活佛时期重建，只有西侧僧房中部，东向的藏巴堂还保存着早期的布局。

藏巴堂分前庭、礼拜道、佛堂三部分，佛堂窄小，阔2.5米，深不如3米，左、右、后三面绕置宽约米余的礼拜道。

佛堂、礼拜道之前有近8米宽的前庭。前庭前面的门廊系后世增设。藏巴堂平面与桑耶寺乌策大殿中心部分类似，只是面积差距过大，也可以看作是乌策中心部分的缩小，猜测此堂的原始设计源自前弘期。第13世拉萨活佛时期，再次对木如宁巴作了修葺、扩建，形成了今天的建筑规模，并把入口从南边改到了北边，紧挨着色达拉康，专供传召法会期间色拉寺僧人出入。

1960年，木如宁巴被关闭，寺内的很多房间都变成了马厩，僧舍变成了公共住宅，之后搬进了很多当地的居民。寺内的神像、经文及其他东西大都流失，墙上的壁画被涂抹，所幸的是木如宁巴的主要建筑没有遭到严重的破坏。

1985年之后，僧人重新进入木如宁巴，寺院对外开放部分，重新为信徒提供宗教仪式的服务。僧人后来修复了大经堂，对残存的壁画进行重新润饰，得以使壁画重见天日。

寺内现存很多精美的壁画，大多绘制于第13世拉萨活佛扩建寺院时期。壁画绘制在黑底上，多以黄色单线勾勒。壁画题材带有浓郁的密宗特点，以念青唐古拉及众眷属神众、五方乃琼护法神及众眷属、十二丹玛女神、尸陀林主等宁玛派神灵为主；其中，五方乃琼护法及众眷属这系列的壁画很少见；壁画带有汉地、尼泊尔、印度等风格。

1990年，木如宁巴进行了一次全面的、专业的翻修，使古旧的木如宁巴再次显现出魅力。现在，木如宁巴是寺院与居民区相结合的混杂大院，僧人的厢房、储物室现在依然是公共住宅，很多的房间都出租给了外来人口。

木如宁巴的经费除了依靠国家补贴外，大多是来自于信众的布施。

在玛尼节前夕，信众会给寺院送来糌粑、酥油等物。玛尼节（萨嘎达瓦节前后）是木如宁巴最有特色的节日，在持续1个月的时间里，白天大院里会坐满信徒，多数是虔诚的老人，寺院会为信徒提供食宿，他们用嗡嗡的诵经声传达着木如宁巴的悠久与旷达。