藏传佛教是不丹王国的国教，也是不丹境内最大的宗教，除了藏传佛教，还有一些尼泊尔洛昌族人（藏文ལྷོ་མཚམས་པ་）信奉印度教。在不丹，主要信奉的是竹巴噶举派（宗喀语འབྲུག་པ་བཀའ་བརྒྱུད），但同时也有信仰宁玛派（藏文རྙིང་མ་པ་）和格鲁派（藏文དགེ་ལུགས་པ་）等。

根据皮尤研究中心（Pew Research Center）2012年发布的报告，不丹全国有74.7%的人口信仰佛教。

公元6世纪，不丹族群的形成主要源于大量西藏人的迁入，当时的不丹地区受到中国西藏政权的管辖。

公元7世纪之前，不丹与西藏一样普遍信仰苯教。后来，随着西藏人的迁入，佛教也逐渐传入不丹。吐蕃（藏文བོད་ཆེན་པོ།）的赞普松赞干布（藏文སྲོང་བཙན་སྒམ་པོ་）下令在今不丹中部的布姆唐宗（宗喀语བུམ་ཐང་རྫོང་ཁག་）和帕罗宗（宗喀语སྤ་རོ་རྫོང་ཁག་）建立了2座寺院，为佛教在不丹的传播奠定了基础。

公元8世纪，莲师（藏文གུ་རུ་རིན་པོ་ཆེ།）来到不丹传法。传说中，莲师是骑乘老虎而来降伏妖魔。位于不丹西部帕罗的塔克桑寺（藏文སྤ་ཕྲོ་སྟག་ཚང༌།），是不丹最古老且最神圣的一座寺院。此时的不丹，仍然是中国西藏的边陲地区。

公元8世纪中叶到公元9世纪，康区（藏文ཁམས）和锡金（锡金语འབྲས་ལྗོངས།）北部的人口大量迁入不丹，为不丹注入了新的活力。随后，由于西藏境内发生的内乱，导致吐蕃政权的崩溃，不丹也趁此机会正式成为一个独立的部落。

公元12世纪，竹巴噶举派逐渐在不丹执掌了权力，实行政教合一制度（藏文ཆོས་སྲིད་གཉིས་，英文Tibetan dual system of government）。

公元13世纪，来自西藏的僧人开始陆续前往不丹传法，并统治了不丹。他们仿照西藏的宗（藏文རྫོང）区划制度，在不丹设立宗（宗喀语རྫོ་ཁག།）区划制度。

随着时间的推移，拉巴噶举派、宁玛派和格鲁派等相继在不丹传法，各教派及背后的政治力量开始相互角逐。

公元1616年，竹巴噶举派的夏仲·阿旺朗杰从西藏逃往不丹。他利用地利人和的优势，先后五次打败了格鲁派（史称五喇嘛之战），统一了不丹，并确立了竹巴噶举派为不丹的国教。阿旺朗杰自立为夏仲（藏文ཞབས་དྲུང་，英文Shabdrung），意为法王，成为不丹政教合一政权的最高领袖。

在阿旺朗杰圆寂后，据说，他的身、语、意三个转世继续在不丹执掌政权，直到1907年，乌颜·旺楚克（宗喀语ཨོ་རྒྱན་དབང་ཕྱུག་）在英属印度政府的支持下，进行了重要的政治改革。他废除了不丹境内长期以来混乱的世俗和宗教双重政权结构，从而被拥立成为不丹世袭君主制旺楚克王朝，并成为不丹王国世袭的第一任国王。

在不丹，不同族群和地区有着不同的宗教信仰。居住在中部和西部的西藏裔阿洛人（宗喀语འབྲུག་པ，又称为门巴族，藏文མོན་པ་）主要信奉宁玛派，而不丹的其他地区则大多信仰竹巴噶举派。不过，不丹王室并不排斥这两个教派，而是将它们视为不丹宗教信仰的重要组成部分，将两者称为一体。

目前，不丹的佛教事务主要由不丹寺院事务委员会（又称为不丹王国宗教部，Dratshang Lhentshog）负责管理。这个机构在不丹具有重要地位，致力于维护和发展佛教，确保佛教在不丹的传承和繁荣。

1989年，不丹的佛教事业蓬勃发展。据统计，不丹寺院事务委员会中央寺院在延布（宗喀语ཐིམ་ཕུ）和普纳卡（宗喀语སྤུ་ན་ཁ་）两地，约有1000名沙弥接受严格的佛教教育，而在地区寺院中，则约有4000多名僧人在修行。不丹境内共有12,000名僧人，当中也有活跃的阿尼寺院，但由于各种原因，没有现成的数字。他们都由最高僧官杰堪布统一管理。

尽管不丹的佛教起源于藏传佛教，但在仪式、礼仪和寺院组织等方面，不丹佛教形成了自己独特的风格。为了支持佛教的发展，不丹政府长期以来每年都向佛教寺院、神龛、僧人和尼师提供经济补贴，确保佛教在不丹的持续发展。

在第3代国王吉格梅·多吉·旺楚克（宗喀语འབྲུག་རྒྱལ་པོ་ འཇིགས་མེད་རྡོ་རྗེ་དབང་ཕྱུག་མཆོག་）统治时期，他对佛教的支持更是达到了一个新高度。他下令制作10000尊镀金铜像，这些佛像精美绝伦，成为不丹佛教艺术的瑰宝。此外，他还出版了108卷精美的书法版《甘珠尔》（藏文བཀའ་འགྱུར）和225卷《丹珠尔》（藏文བསྟན་འགྱུར），这些佛教经典为不丹的佛教徒提供了宝贵的学习资源。为了弘法，他还在全国范围内修建众多佛塔，成为不丹佛教信仰的象征。

在不丹的政治和生活中，佛教徒享有保证的代表权。他们在国民议会和皇家咨询委员会中占据重要位置，构成社会的大多数，并在公共政策中拥有绝对影响力的话语权。这种政教合一的体制使得佛教在不丹社会中发挥着至关重要的作用。

不丹的宗教体系由杰堪布（宗喀语རྗེ་མཁན་པོ།）领导，他是宗教界的最高权威。杰堪布的工作得到了5位洛本（Lopon）的协助，每位洛本都专注于不同的宗教领域，如宗教传统、礼仪、词典编纂、逻辑以及大学教育。其中多吉洛本在现任杰堪布退休后将成为继任者。在洛本之下，还有宗教管理者和年轻的僧俗官员，他们分别负责艺术、音乐和其他与宗教相关的领域。

不丹的佛教分为多个派别，其中格鲁派僧人遵循严格的禁欲生活。然而，宁玛派不仅包括僧人，还包括在家居士。这些居士在寺院和家中履行礼仪职能的同时，也允许结婚生子和从事世俗职业。

2002年7月，第70世杰堪布楚库·吉梅·却塔（Trulku Jigme Choedra）创立了不丹药善机构（Menjong Chöthün Tshogpa）。这个机构已经成为不丹的全国性非营利组织，致力于保护和发展作为古老文化和传统的本土佛教教义。通过杰堪布的努力，不丹的佛教文化得以传承和弘扬。

2003年6月，第70世杰堪布任命了崔津策林仁波切（Trizin Tsering Rinpoche）为不丹药善机构的主席。

2004年，在第70世杰堪布的全力支持下，崔津策林仁波切创立了国际金刚座佛像基金会（Buddha Dordenma Image Foundation）。这个基金会的成立旨在实现莲师在伏藏中留下的预言，通过一系列具有深远意义的项目，如廷布金刚座释迦牟尼佛像的完成，为世界和平和辉煌幸福赐予祝福。

而在1907年之前，不丹的最高佛教领袖是备受尊敬的夏仲活佛，被视为是不丹创始人阿旺朗杰的转世，承载着利益一切众生的崇高使命。夏仲活佛的每一世都伴随着自己的预言，预示着他对众生的深远影响。

不丹的寺院和阿尼寺院遍布各地，是僧人和尼师修行的场所。他们剃着光头，身着醒目的栗色长袍，每日沉浸在学习和冥想之中。除此之外，他们还会履行各尊菩萨的仪式，为亡者祈祷，并代表病者向菩萨祈求调停。他们的祈祷方式多种多样，包括歌唱和赞美，伴奏着海螺、用人腿骨制成的喇叭、长达三米的金属喇叭、大型立式鼓和铙钹、手铃、寺庙钟、铜锣和木棍等乐器的和谐演奏。这种寺院音乐，尽管通常不为公众所听闻，但据报道它具有“巨大的生命力”，旋律之美甚至超越了藏族的音乐和歌声。

在不丹，普通人也有自己的宗教信仰方式。他们通过日常的工作、言语、思想以及在特定的圣日（如不丹历中的每月8日、10日、15日、25日、28日和30日）访问圣地和圣人来表达自己的信仰。

为了让佛教更加深入人心，不丹境内使用了许多佛教象征符号和建筑。宗教纪念碑、祈祷墙、经幡和玛尼石等随处可见，它们构成了不丹独特的宗教风景。

碉堡作为不丹版的印度佛塔，从简单的矩形房子到带有华丽台阶、门、圆顶和尖塔的复杂建筑，形态各异。其中一些还装饰有佛眼，象征着能同时看到四面八方的智慧。 这些由土、砖或石结构建成的纪念碑，既用于纪念已故国王、佛教圣人、高僧和其他名人，也用作舍利塔。

祈祷墙则是用铺砌或堆叠的石头制成，上面雕刻着祈祷文。经幡（藏文དར་ལྕོག་，又称隆达，藏文རླུང་རྟ་）则是将将木刻印刷在布上的祈祷文制成高、窄、彩色的旗帜，挂在长杆上，放置在圣地和危险的地方，以辟邪和利益亡者。

为了传法，云游的僧人会携带一个便携式神龛，从一个村庄到另一个村庄。这个神龛有很多小门，打开后可以看到佛陀、菩萨和著名喇嘛的雕像和图像。通过这种方式，他们向村民传授佛法的教义。

值得一提的是，在佛教传入之前，苯教（藏文བོན）在不丹非常盛行。尽管佛教后来成为了主要的宗教信仰，但苯教至今仍在不丹流行，与佛教共同构成了不丹独特的宗教文化。