藏军是清朝时期存在于西藏地区的陆军，受清朝中央政府和西藏地方噶厦政府共同领导。

原本，卫藏（དབུས་གཙང）地区没有正式的军队，遇到战事只能临时征调民众充当兵员，这种方式不仅作战能力不足，还经常骚扰百姓，造成很大的危害。在准噶尔势力被逐出西藏之后，西藏郡王颇罗鼐（མི་དབང་ཕོ་ལྷ་ནས་）在拉萨北郊建立了扎什营城，并训练了一支包括1万骑兵和1.5万步兵的藏军。从此，西藏有了相对齐备的骑兵和武器装备，并且经过专业训练的常备职业军队。他们在通往准噶尔的道路上设置了严密的卡伦（关卡），准噶尔从此不敢再侵扰西藏。由于这支部队不驻扎在拉萨附近，因此它没有参与1750年珠尔默特那木札勒（གྱུར་མེད་རྣམ་རྒྱལ，颇罗鼐次子）的叛乱。

虽然，《西藏善后章程》（《酌定西藏善后章程十三条》）并未解散这支部队，但经过噶厦的改组后，藏军没有获得与颇罗鼐时期同样的支持，导致藏军的战斗力逐渐下降，这一点在后来应对廓尔喀入侵时尤为明显。

清·乾隆53年（1788年）和乾隆56年（1791年），廓尔喀两次入侵西藏，藏军均是迅速溃败。

清·乾隆57年（1792年），福康安（1754~1796）率领清军成功击退了入侵西藏的廓尔喀军队。

福康安在呈报给乾隆帝的奏章中评论藏军时提到：

卫藏地方久涵圣泽，人不知兵，番民习俗唯知诵经奉佛，于军旅之事平日并不讲求。及廓尔喀两次滋事，藏内番兵乘间即逃，遇敌即退，不能守御出力，固由番兵等怯懦性成，亦因平日练兵无道，毫无法制，势难使之振作。

之后，乾隆帝（1711~1799）采纳了福康安关于整顿番兵、组建正规藏军的建议，于乾隆58年（1793年）颁布了《钦定藏内善后章程》。章程决定在西藏编制三千一百六十二名藏军，并部署三千四百五十名清军，分别驻扎拉萨（ལྷ་ས་）、日喀则（གཞིས་ཀ་རྩེ་གྲོང་ཁྱེར།）、江孜（རྒྱལ་རྩེ་རྫོང་།）和定日（དིང་རི་རྫོང་།）。组建后的藏军属于清朝正规军，享受清政府全额财政支持，兵员编制、升迁制度以及粮饷待遇均需按照清朝廷的规定执行。

“这次呈请大皇帝批准，成立三千名正规军队：前、后藏各驻一千名，江孜驻五百名，定日驻五百名，以上兵员由各主要地区征调，每五百名兵员委一代本管理。”

福康安组建的代本军中，一半的士兵使用火枪，30%使用弓箭，剩下20%则装备刀矛、藤牌，并配备了十四门新式劈山炮。

在第一次鸦片战争（1840~1842）期间，英帝国怂恿锡克王国所属查谟土邦的大君古拉卜·辛格，于1841年派遣著名的多格拉人（《清实录》卷370称“森巴夷番”）将领左拉瓦尔·辛格（《清实录》称“倭色尔”），入侵西藏。左拉瓦尔·辛格征服了巴尔蒂斯坦后，并未撤回克什米尔，而是继续驻守在1834年已被征服的拉达克。他率领部5000部属及数千巴尔蒂人、达拉克人，入侵西藏，企图征服拉萨。在占领了达坝、噶尔、杂仁等地后，深入藏境12站，行军1700多华里。噶厦组织了外藏军队1000余人，拉萨及附近士兵300人，另加1000余名民兵迎战，还增派了500名援军。战斗中，藏军运用了存有的劈山炮作为主要武器。

1841年12月10日，在海拔4500米的一片平原上，藏军与谢脱拉（Shatra）（《清史稿》卷525称“戴琫”领兵，噶布伦尔等四面夹攻）率领的部队进行决战。

12月12日，左拉瓦尔·辛格的军队全军覆没，他本人右肩中弹，随后被藏军长矛刺入胸膛，阵亡。仅有25名士兵逃回克什米尔汇报战报。836名俘虏在拉萨受到噶厦政府的善待。

1841年11月中旬，大金川千总阿木穰和瓦寺土舍索诺木文茂、瓦寺土司守备哈克里率领近千名藏兵，从阿坝出征，参与奕经将军策划针对入侵浙江东部英帝军的一次大规模反击战，最终以失败告终，史称浙东之战。由于这场战争发起日期定于虎年、虎月、虎日、虎时、以生肖属虎的宁夏镇总兵段永福为指挥官以及进攻目标位洋人，又称为“五虎灭羊（洋）之战”。在《圣武记》中，魏源对这些藏兵的英勇表现予以称赞“金川兵一可当十”，他们骁勇善战，善于使用鸟枪，百步之内命中率极高。

1842年3月10日四更时分，中国军队开始进攻英军据守的宁波府城。阿木穰率领四百藏兵作为先锋，冲击西门。在巷战中，阿木穰和一百多名藏族士兵英勇战死。

“ 他们的尸体厚厚地乱摊在四旁，说明他们是一种魁梧而壮健的人种……据说他们曾经决定不战胜即战死。他们的帽子具有一种特别不普通的样子，是用老虎面部的皮制的，附有老虎尾巴垂在他们身后。阵亡者身上每人有五六元，因此可以合理假定是发钱给他们，诱使他们进攻。 ”——英军海军上尉宾汉，《英军在华作战记》

史学家夏燮在《中西纪事》中评价道：“四川土司一军首入郡中，其死事尤为惨烈。”

1842年3月15日，英军猛烈进攻大宝山营地，镇海总兵朱贵和瓦寺土司守备哈克里等人壮烈阵亡。

为了纪念抗英烈士，慈城的百姓于1843年捐资在大宝山西侧建造了一座祠堂，命名为高节祠，并在祠堂内立起武显朱将军庙碑。

庙碑以及《慈溪县志》记载道：“绅士议为大金川土司阿木穰、瓦寺土司喀克英里先于攻复郡城阵亡，忠义气合，可以附祀。”

清·道光26年（1846年），驻藏大臣琦善对藏军的管理制度进行了改革，将原有的体制改为汉藏分理，即驻藏清军仍由驻藏大臣管辖，但藏军中的6个代本及3000名士兵则改由噶厦政府直接管辖，负责西藏的地方治安事务。使得清朝廷事实上放弃了对藏军的直接管理。

1888年1月下旬，英帝国在藏锡边境的隆吐山地区集结。

2月，英军与藏军爆发零星冲突，至3月底，英军损失了100余名士兵和1名军官。随后，英军调来大炮等重武器，通过密集的炮火压制并击退了藏军，很快长驱直入，迅速占领了纳塘。

5月22日，3000余名藏军对盘踞在纳塘的英军营地发起了夜袭。但是，驻藏大臣升泰认为隆吐山属于锡金，要求藏军停止对英军的抵抗。

9月，英军发动了捻那和都纳之战，升泰与英方谈判，并签订了《中英藏印条约》。

1913年，第13世拉萨活佛设立马基康，藏文དམག་སྤྱི་ཁང，即藏军总司令部，负责全藏军务的最高指挥。马基康下设扎康（军械局）、颇康（供给局）和洛局康（训练局），分别管理藏军的武器装备、后勤供给和军事训练等事务。但是，出兵作战等重大事务决策需呈报噶厦政府及拉萨活佛批准。马基康的“马基”意为总司令，常设僧俗各1人，由DLLM任命，通常由三品扎萨克担任。首任总司令为擦绒·达桑占堆（ཚ་རོང་ཟླ་བཟང་དགྲ་འདུལ་，1888~1959），副总司令为赤门·罗布旺杰（ཁྲི་སམོན་ནོར་པུ་དབྱང་རྒྱལ་，1874~1954）。

藏军的最大编制单位为“玛噶”，意为兵营，相当于团。规模较大的“玛噶”有1500人，一般规模为500人~1000人。最初藏军共编制十个团，按藏文三十个字母的顺序，依次命名为：

噶当玛噶—第一团

卡当玛噶—第二团

喀当玛噶—第三团

咬当玛噶—第四团 

贾当玛噶—第五团 

恰当玛噶—第六团 

甲当玛噶—第七团 

惹当玛噶—第八团 

打当玛噶—第九团 

地当玛噶—第十团

*到1950年秋冬的昌都战役前后，藏军扩编至16个团，增加了第11、13、14、15、16、17团。但因藏语中的“12”与“病”同音，被认为不吉利，因此没有12团。

乾隆58年（公元1793年）颁布的《钦定藏内善后章程》详细规定了藏军的编制体系：

代本，藏文མདའ་དཔོན，音译为“戴琫”或“代奔”，负责指挥一个玛噶，即500名士兵，职务相当于团长。代本，意为掌箭官或弓箭长，最初这个职位是世袭的。福康安建议改革世袭制，改由驻藏大臣与DLLM共同挑选年轻有为者担任，并授予四品官衔，颁发执照。代本以下设2名如本。

如本，意为部队长，负责管理一个如喀（意为队伍、营），即250名士兵，职务相当于营长。如本下设两名甲本。

甲本，意为百伕长，负责管理125名士兵，职务相当于连长。甲本下设5名定本。

甲校，意为百人单位，长官为甲本。

定本，意为分队长，负责管理25名士兵，职务相当于排长。

定校、协敖，意为小单位，长官为定本。

九校，意为十人单位，长官为九本，意为十伕长，职务相当于班长。

阿校，意为五人单位，长官为阿本，意为五伕长，职务相当于小组长。

*代本由噶厦政府提名，DLLM批准；如本由马基提名，噶厦任免；如本以下军官则由马基康直接任命。如本以上军官通常从贵族中选拔，平民出身的军官最高可任如本。