蔡巴噶举派，藏文tshal-pa-bkav-brgyud，是噶举派-达波噶举派的四大支系之一；蔡巴噶举派的创始人是向蔡巴，他是达波拉结尊者的弟子。向蔡巴还向达波拉结尊者的侄子-贡巴楚臣宁波学过经。

在当时的吐蕃贵族后裔-噶尔家族的支持下，于公元1175年，在蔡地建立蔡巴寺，藏文tshal-yang-dgon，蔡巴噶举派也由此得名。向蔡巴在公元1187年又建了贡塘寺，藏文gung-thang-dgon。

蔡巴寺、贡塘寺这两寺的住持几经传承后，终被噶尔家族的桑结顿朱控制。在中国元代，至元五年（公元1268年），元朝廷（即中央政府）册封桑结顿朱为蔡巴万户长，兼掌政教。桑结顿朱的儿子仁钦坚赞赴京朝贡，元世祖（即忽必烈）赐诰命金印，也让蔡巴万户成为前藏势力最大的三个万户长之一。

公元14世纪后，蔡巴万户联合萨迦万户、雅桑万户的势力，共同地与帕竹万户作战；被帕竹万户击败后，蔡巴万户的属地几乎全被夺去，自此一蹶不振；蔡巴噶举派也随着蔡巴领主的失势而衰微。

在公元14世纪，蔡巴噶举派的著名学者蔡巴·贡噶多吉编纂《甘珠尔》目录和撰写《红史》。

在格鲁派兴起后，蔡巴寺、贡塘寺都改归属于格鲁派管辖。