止贡噶举派，藏文vbri-gung-bkav-brgyud，是噶举派-帕竹噶举派的八小支系之一。止贡噶举派的创始人是止贡巴·仁钦贝，他还是帕木竹巴尊者的弟子。

在公元1179年，止贡巴·仁钦贝，藏文rin-chen-dpal，在止贡（今拉萨东北郊）建止贡替寺，藏文vbri-gung-mthil，创立止贡噶举派。

止贡噶举派非常重视戒律，认为「因果说」、「所谓真实」相融合后，就能达到「真空」与「大悲」的境地。

在公元1240年，止贡噶举派的寺主京俄·扎巴迥乃在主张西藏归顺元朝（当时中央政府）时，颇有贡献；随后元朝廷册封他为万户长。

在中国元世祖（即忽必烈）至元二十七年（公元1290年），止贡噶举派遭到了萨迦派的袭击；遂止贡替寺被毁，藏史称此次事件为“止贡林洛”（意“寺庙之变”）。

在公元14世纪中期，止贡噶举派的大部分领地，都被帕木竹（朗氏家族建立的第一个政权合一）的政权兼并。

之后，止贡噶举派又与格鲁派进行了角逐。在公元1413年，明朝廷（即中央政府）册封止贡噶举派的第十三任寺主–领真巴儿吉监藏为“阐教王”（西藏八王之一）。

在公元15世纪后，在格鲁派掌管西藏的政教大权后，止贡噶举派一直处于被压制的地位，但是它的教派传承，却一直未断。

自公元17世纪的中期后，止贡噶举派就逐渐衰落。