帕竹噶举派，藏文phag-grub-bkav-brgyud，是噶举派-达波噶举派的四大支系之一；帕竹噶举派的创始人是帕木竹巴，他还是达波拉结尊者的弟子。

达波拉杰尊者对帕木竹巴尊者传授了很多密法，亲传“俱生和合法”的「大印修法」，帕木竹巴视达波拉结尊者为自己的根本上师。在公元1158年，帕木竹巴尊者，在西藏山南的帕木竹（今山南桑日县）建丹萨替寺（即丹萨梯寺），他广收门徒及亲授‘大印修法’，也得到了当时的吐蕃贵族后裔-朗氏家族（即萨迦派）的支持，从而形成了帕竹噶举派。

丹萨替寺的座主也慢慢的被朗氏家族承袭，朗氏家族在元朝时期（即中央政府）被封为万户长。

帕竹噶举派发展经历了先由宗教僧侣创立政派，后由教派和势力家族相结合，进而建立了一个地方政权的过程。

在中国元代，至正十一年（公元1351年），由当时的座主（即万户长）强曲坚赞，藏文by-ang-chub-rgyal-mtshan，被元朝（即中央政府）赐封为‘大司徒’，成功的统一了卫藏，并取代萨迦派；建立了一个政教合一的乃东政权，共存续二百六十五年；这个政权亦被称为‘帕木竹巴’。

强曲坚赞的侄孙扎巴坚赞，藏文grags-pa-rgyal-mts-han，在中国明代，永乐四年（公元1406年），被中央政府册封为‘灌顶国师阐化王’（即中国明王朝对西藏帕木竹巴政权首领的封号）并赐玉印。

在公元15世纪初期，扎巴坚赞之后扶持了宗喀巴创立–格鲁派。

帕竹噶举派后来也随帕木竹地方政权的衰亡而消失，但是「阐化王印」却一直传到了格鲁派-第五世拉萨活佛时期。

帕木竹巴尊者圆寂后，他的弟子们分别在西藏各地建寺授徒，随后此派又分出八个支系。这八个支系即止贡、达垅、主巴三支系流传至今；雅桑、修色、叶巴、玛仓等支系已先后绝传。