密教，梵文guhya，音译“瞿醯”，原意为秘密、神秘、深奥。它与“显教”相对，又称“密宗”、“密乘”，或“秘教”、“秘宗”、“秘乘”，全称“秘密教”、“秘密宗”、“秘密乘”。密教因为教义、修法及传承秘密、深奥，所以称为密教。

密教起源于大乘佛教中的陀罗尼，陀罗尼的演化最终导致了密教的形成。大约至公元2世纪，陀罗尼已经成为大乘教法的一个重要内容，与戒、定、慧并称菩萨四事庄严，与三昧同为菩萨必备的两大方便法门。

陀罗尼原是佛教用来掌握和传授经典的重要方法，后来被大乘神秘化，并赋予一种无所不能的功能，形成能够役使鬼神、化凶趋吉的咒术，这就产生了原始密教的陀罗尼教。

陀罗尼密教的早期经典是《无量门微密持经》，在公元3世纪前半叶，译为汉文。它由经序、陀罗尼及其功用三部分构成，后来成为一切陀罗尼密典的基本格式。它突出了陀罗尼的主体地位，及宣扬陀罗尼的万能，将陀罗尼广泛应用于治病健身、卫家保国以及护法等方面，侧面反映了陀罗尼密教的基本特征。它的传播，大体与大乘佛教同步，尤其是在阿姆河至印度河流域的区域内广为流行。后来也传到信奉部派佛教所在的一些地方。密教传入中国后，在中国魏晋南北朝时特别盛行。

从公元4世纪开始，陀罗尼密教在西印度发展为持明密教，出现了咒印相合的《持明藏》。据义净《大唐西域求法高僧传•道琳传》记载，龙树弟子难陀“聪敏博识，渍意斯典（即《持明咒藏》）”。难陀在西印度十二年专心持咒，“遂便感应……恐明咒散失，遂便撮集，可十二千颂，成一家之言。每于一颂之内，离合咒印之文，虽复言同字同，实乃义别用别，自非口相传授，而实解悟无因”。难陀纂（音zuǎn）集的这种离合咒印的《持明藏》，是早期持明密典的代表，后来汉译的不少密典据称出自此经。持明密教进一步吸取了流行的佛像崇拜和供养，就促使密教发展出像法、供养法和坛法，加上当时印度教和其他宗教信仰的活跃，刺激了密教的护摩法、灌顶法以及新的神祇系统的产生。反映持明密教的是《金刚大道场经》和《灌顶大道场经》，也成为后世汉译密典的重要来源。由于这两部经备足像法、坛法、供养法、护摩法及灌顶法等，形成比较完备的密法体系，因此，完整形态的密教至此基本建立。持明藏教以西印度为中心，随后传承于中国西域、北印度、南印度及中印度。晚期，成就法盛行，密法仪轨就更为复杂。南朝梁代时，持明密教传入了中国内地，成为这阶段中国密教的主流。

公元6世纪末～公元7世纪初，密教进入发展中期阶段，在中北印度流传的持明密教的基础上，形成了真言密教，其代表经典是《大日经》。据崔牧《大日经序》等记载，《大日经》原有“大本”藏于北印大勃噜罗国（亦作“大勃律”，今克什米尔西北部大巴勒提斯坦一带），而通行的“略本”又由中印度大阿阇梨与诸传法圣者采其宗要摘编而成。真言密教以续出大乘经典、尤其是《胜鬘经》类的如来藏思想为基础，建立了自己的理论体系，即“菩提心为因”、“大悲为根本”、“方便为究竟”的三句论；同时也完善了密法体系。在三部法外又组织了以五方佛为中心的胎藏界密法，增加了瑜伽观想的意密修法。自此，密教的三密（身、口、意之密）修法得到完备。真言密教还确立了毗卢遮那佛（又称大日如来）的独尊地位，即以大日如来为法身佛，是密教的教主。此派首先在中北印度流传。据相关善无畏的传记记载，在公元7世纪中叶，中印度的那烂陀寺有达磨鞠多传持真言密教，声名卓著，据称他“掌定门之秘钥，佩如来之密印”。善无畏即从他受法。时游历印度的无行及其后的常愍（音mǐn），都记载中北印度盛行真言教法及毗卢遮那佛信仰。在公元7世纪末～公元8世纪初，真言密教由善无畏经陆路传入中国的唐代，之后盛行，并成为唐代密宗的主要流派之一。在公元8～公元9世纪，也一度流传于吐蕃和南诏。

在真言密教广为流传时，瑜伽密教—金刚乘开始在南印度兴起。公元7世纪30年代，玄奘游历南印度时，当地已经流行金刚神信仰。据《大唐西域记》记载驮那羯磔迦国（今克里希那河南岸）都城南大山岩有金刚神之所，有可持诵《执金刚陀罗尼》等密典流传。据《金刚顶经义诀》及有关金刚智的传记等载，金刚乘的代表经典是《金刚顶经》，它原藏在南天大铁塔中，有某大德持诵婆卢遮那真言，以七粒白芥子打开塔门，入内受持传出。一般认为这个南天铁塔就是著名的阿马拉瓦底大塔（亦称驮那羯磔迦大塔）。又传公元7世纪后半叶，南印度有龙智弘传瑜伽密教，公元8世纪初金刚智从其受法。金刚乘最初的代表经典是《真实摄论》。此经既受到真言密教的直接影响，又继续了南印度一带流行的晚期持明密教的传统，其密法以五部法的五方佛为中心组成金刚界，突出金刚神的地位。瑜伽密教在修法上是三密并举，不过更注重瑜伽意密达观修。在理论上与真言密教受中观派影响不同，它是接受瑜伽行派的思想。

公元8世纪初，金刚乘先在南印度流传，后来传到师子国（今斯里兰卡），又由金刚智经海路传入中国，逐渐形成唐代密宗的另一个主要流派。公元8世纪中叶，不空到师子国等地求法时，金刚乘的经典已由《真实摄论》发展到十八部，总称《十八会金刚顶瑜伽经》，密法体系也更加庞大，在思想上则发展出《理趣般若》的大乐思想，在信仰上亦受到当地流行的普贤崇拜影响。当时斯里兰卡也发展成了一个新的密教中心，有普贤阿阇梨弘传十八会瑜伽教，“位邻圣地，德为时尊”。不空从其受法，传十八会诸法于中国，形成另一个密教中心，直至公元8世纪末，南印度仍然是瑜伽密教的中心。

公元8世纪末～公元9世纪初开始，金刚乘开始向北方地区迅速传播，亦得到了波罗王朝的信奉和扶持，第二世波罗国王供施那烂陀寺之外，还在恒河右岸建造了超岩寺，即成为新的、最大的密教中心。最大的支系是南方的龙树派，北方则有佛智派；佛智派则传到了吐蕃。在思想上，金刚乘把大乐思想发展到极端，更加注重瑜伽实践，不但仪轨繁复，讲论之风亦盛，往往自称大瑜伽密教。

与大瑜伽密教流行的同时，北方和孟加拉等地，又兴起了具有新倾向的俱生乘。这一派的著作大多是由早期孟加拉语和中世纪俗语阿般布沙语写成。其根本经典有《胜乐经》、《喜金刚经》等，一般称为“瑜伽母怛特罗”，广泛传播在公元9世纪之后。此派盛行于克什米尔、中印度、东印度和孟加拉等地，而西北印度的乌仗那被认为是发源地，其中心是超岩寺。此派的代表人物，早期有萨罗诃、卢伊巴、伽那诃等。公元10世纪时，有蒂洛巴，之后有那若巴、辛底巴和弥勒巴。藏传佛教后弘期时，传入西藏的密教就是这一派。俱生乘主张菩提心与生俱有，智慧与方便之和合为真实。又深受印度教性力派的影响，崇尚性力女神。反对金刚乘的传统，不受戒律寺规的约束，废除复杂严格的密法仪轨，它的极端派别则以偕瑜伽母狂游合修为唯一的修法，称为无上瑜伽密教。

从公元10世纪起，在东印度和中印度又兴起了一个新的派别，称为“无二瑜伽密教的时轮乘”，其根本经典是《时轮经》，一度被认为起源于香跋拉国，实际上与东印度或南印度有关。该派主张现实的一切存在，如时间的车轮转瞬即逝，只有本初佛才是宇宙的绝对存在。宇宙和时间都包罗在本初佛的体内，瑜伽行者的体内则如小宇宙，只要将自身的小我与宇宙的大我相应合一，便能获得成就。时轮乘的此类思想与印度教各派也有很多的共同性。其代表人物有大时轮足和小时轮足，前者广传弟子，后者将时轮教法推行到那烂陀寺。据载，传无上瑜伽的那若巴也在超岩寺弘扬时轮教法。此外，尼泊尔和克什米尔曾也流传时轮教法。公元12世纪末～公元13世纪初，伊斯兰军焚毁了超岩寺和那烂陀寺，时轮乘就此在印度消失，由此也宣告了秘密佛教在印度的终结。

公元13世纪后，中国内地和其他地方的密教，趋于衰微或先后消亡，但是藏地的藏传佛教却十分繁盛，日本密教也继续流传。藏传佛教基本上继承了后期密教的传统，以无上瑜伽俱生乘教法为主，形成了萨迦派、达波噶举派和香巴噶举派，以大瑜伽教法为主形成了宁玛派，以无二瑜伽时轮乘教法为主形成了觉囊派、夏鲁派。最晚形成的格鲁派综合吸收各派的密法，确立了先显后密的修习次第。藏密各派先后向蒙古地区、中国内地及南亚的邻国传播，公元17世纪后，藏传佛教逐渐传播到俄罗斯境内的蒙古人中。

从公元20世纪50年代起，密教开始在欧美各国传播，以噶举派、宁玛派的影响较大，格鲁派次之。

近代，日本密教也开始向外传播，其中的真言宗各派在欧美具有一定的影响力。