准噶尔之役是公元17世纪～公元18世纪时，准噶尔汗国与清朝廷之间的战争。在清代文献中称为平定准噶尔、平定准部。

战争始于康熙27年（公元1688年），准噶尔首领－噶尔丹入侵喀尔喀蒙古，并乘胜进兵至内蒙。

乾隆20年（公元1755年），清军进攻伊犁（今新疆伊犁霍城县），俘获了准噶尔首领－达瓦齐，最终以准噶尔灭亡而结束战争。达瓦齐被俘后，时任定边左副将军（乌里雅苏台将军）的辉特部台吉－阿睦尔撒纳起兵反叛，使得天山北路再次陷入战乱。

乾隆23年初（公元1758年），逃亡的阿睦尔撒纳病死在俄罗斯，俄国请清使验看尸首“准噶尔之事，于是大定”。次年，清军剿灭了叛军残部，还平定大小和卓之乱，使得西域全境稳定，西北边患暂告终结。

平定了阿睦尔撒纳之后，清期的蒙古就没有再发生大的变乱，直到1911年辛亥革命后，外蒙古独立。

准噶尔之役历经了康熙、雍正、乾隆三帝，前后长达70年。乾隆帝平定准噶尔后“拓地二万余里”，西域天山南北尽入版图，原来的准噶尔领地被称为准部，与天山以南的回部合称为西域新疆，源自旧疆新归，后来简称为新疆。准噶尔之役也是乾隆帝的“十全武功”之首。

准噶尔部是卫拉特蒙古的分支，兴起于明清之际的巴尔喀什湖以东的伊犁河一带。

清初，准噶尔汗国首领－巴图尔珲台吉及其子僧格都向清帝称臣入贡，僧格的弟弟－噶尔丹继位后，依旧向清朝廷称臣。

康熙18年（公元1679年），噶尔丹得到了第五世拉萨活佛授予的“博硕克图汗”称号，于是他上书清朝廷要求确认汗号并颁发敕印。因为噶尔丹是出自绰罗斯姓，并不是成吉思汗黄金家族（直系）的后裔，按照蒙古传统，他是没有资格使用汗的称号，所以理藩院以卫拉特称汗者不得入贡的先例为辞，指斥噶尔丹“擅称汗号”，但又准许他纳贡。

数年后，噶尔丹出兵征服了天山南路的叶尔羌汗国、吉利吉思（今柯尔克孜族）、塔什干（乌兹别克斯坦首都）等地，击破了哈萨克部落，势力远及阿富汗等地，称霸于中亚。

清初，游牧于漠北的喀尔喀蒙古分为三大部落：札萨克图汗部、土谢图汗部、车臣汗部，称为外喀尔喀，即现在的外蒙古。三部实际上都是清朝的属国，首领称为“汗”，臣附属于皇帝，但不受内地官员的管理。

康熙23年（公元1684年），札萨克图汗部发生内乱，部分属民逃到土谢图汗部。新继位的札萨克图汗－成衮向土谢图汗－察珲多尔济索要逃逸人口，察珲多尔济不愿意给，二人反目成仇。不久成衮去死后，由其子沙喇继位。

康熙26年（公元1687年），噶尔丹与沙喇（札萨克图汗部）结盟，共同对抗土谢图汗部。察珲多尔济侦察得知了沙喇的动向，于是联络了阿拉善－罗卜藏衮布拉布坦，决定先发制人。同年秋，土谢图汗－察珲多尔济领兵一万出击，将札萨克图汗沙喇杀害，使得外喀尔喀陷入内战。噶尔丹的弟弟－多尔济扎布也被土谢图汗－察珲多尔济、罗卜藏衮布拉布坦的联军杀死。于是噶尔丹乘机率兵东进，意欲将外喀尔喀的三部，收置在准噶尔部的统治下。

康熙27年（1688年）5月，噶尔丹领兵三万出征科布多，外喀尔喀。喀尔喀举族震动，军民纷纷溃逃。准噶尔军轻松击溃了喀尔喀右翼－札萨克图汗部、托辉特部，战胜了前来迎击的察珲多尔济长子－噶勒丹多尔济（土谢图汗部），察珲多尔济的弟弟－哲布尊丹巴先向东逃到车臣汗部，又南下逃到清朝所属的阿巴哈纳尔部（今内蒙古锡林浩特市）。沙喇之弟－策旺扎布率领札萨克图汗部与已故车臣汗之弟－纳木扎尔率车臣汗部一起举族南迁，逃到了清朝边界。

8月，察珲多尔济（土谢图汗部）与噶尔丹在土拉河激战，随着察珲多尔济的战败，直接率部逃到了内蒙古苏尼特地界。

汹涌而来的喀尔喀诸汗、台吉及数十万民众冲破了清兵哨卡，纷纷逃入内蒙古苏尼特、乌珠穆沁、阿巴哈纳尔等部。

噶尔丹致书清朝廷，声言“倘折卜尊丹巴（哲卜尊丹巴）往投皇上，或拒而不纳，或擒之畀我”被康熙帝拒绝。

9月，哲布尊丹巴与外喀尔喀三部众的首领盟会，正式归附清朝，康熙帝准其内附，并派人为他们安插牧地、发粮赈济。

康熙28年（公元1689年），噶尔丹之侄－策妄阿拉布坦趁噶尔丹远征之际，率部反叛。噶尔丹回师被阻在阿尔泰山以东的科布多。策妄阿拉布坦占据准噶尔据地后，切断了噶尔丹军队的兵源、粮饷。噶尔丹决定再次出征漠北，与俄罗斯争夺残存的喀尔喀部落，并拒绝清朝廷提出的与喀尔喀和解的建议，清廷这边便放弃了调停的努力，准备发兵征讨噶尔丹。

康熙29年（公元1690年）6月，噶尔丹以追击土谢图汗为由，领兵南下，直抵内蒙古乌珠穆沁边界。噶尔丹在乌尔会河击败了一支轻举妄动的清军，乘胜进到克什克腾旗，已经近逼京师。

7月，康熙帝御驾亲征，以裕亲王－福全出古北口、恭亲王－常宁出喜峰口。8月1日，清兵与准噶尔军在乌兰布通（今内蒙古克什克腾旗乌兰布统乡）交战，噶尔丹大败。由于福全误信了第6世达察活佛之言，使得噶尔丹从容撤退。

康熙34年（公元1695年）5月，在科布多恢复元气的噶尔丹领兵三万，再次出征漠北，抵达克鲁伦河流域。

次年（公元1696年）初，清兵分三路北上出击噶尔丹。2月20日前后，抚远大将军－费扬古由归化城（今内蒙古呼和浩特）出发，扬威将军舒恕、安西将军傅霁、振武将军孙思克从昆都伦（今内蒙古包头市）启程，作为西路军。3月，康熙帝亲率中路大军，从独石口行军。东路军由黑龙江将军萨布素，率盛京、宁古塔、黑龙江、科尔沁兵，沿克鲁伦河西进。

5月，康熙帝抵达克鲁伦河。噶尔丹闻讯后，放火烧掉草原，放弃所有的庐帐器械，率主力军逃走。康熙帝以领侍卫内大臣马思哈为平北大将军，率军追击。噶尔丹逃至特勒尔口济，迎面遇到费扬古率领的西路清军。两军在昭莫多（今蒙古国乌兰巴托南）激战，准噶尔军大败，噶尔丹仅率领数骑兵逃走。

康熙36年（公元1697年）3月，康熙帝亲赴宁夏，命费扬古、马哈思进剿噶尔丹的残部，清兵抵达狼居胥山时，擒获了噶尔丹儿子。噶尔丹势穷力蹙，潜至哈密劫掠粮草不成，不久后便服毒自杀（另一种说法是他杀）。

康熙帝三征噶尔丹后，不仅完全控制了喀尔喀蒙古，还彻底粉碎了噶尔丹的威胁。

在策妄阿拉布坦继位后，起初是与清军合力夹攻噶尔丹。噶尔丹死后，策妄阿拉布坦一边假装与清廷维持着表面的和平，另一边出兵南下回部，将吐鲁番、喀喇沙尔、叶尔羌、喀什噶尔等城置于准噶尔部的直接统治，在与清军控制的哈密对峙。

康熙55年（公元1716年），策妄阿拉布坦派大策零敦多布领兵六千，昼伏夜行，秘密潜入西藏。

康熙56年（公元1717年）11月，大策零敦多布偷袭拉萨，杀死了和硕特部首领－拉藏汗，进一步控制了西藏的局势。

康熙57年（公元1718年）10月，康熙帝发兵入藏。

康熙59年（公元1720年），清军将准噶尔军逐出西藏，大策零敦多布逃回伊犁。清朝自此就在西藏派驻军队，数年后设立驻藏大臣。康熙帝撰写平定西藏记，立御制平定西藏碑立于布达拉宫前。

康熙60年（公元1721年）3月，允禵提议分三路大军进兵伊犁，剿灭策妄阿喇布坦称：“各路马驼粮饷俱甚充足，器械俱已齐备，官兵各思奋力。值策妄阿喇布坦人心惶惑之时，可以直捣巢穴，扫荡无迹”。清廷随之制定了行军计划：阿喇衲、路振声由乌兰乌苏进兵吐鲁番，富宁安之兵调往乌兰乌苏驻扎；傅尔丹、祁里德在本处预备；祁里德再派兵二千，前往收取策妄阿拉布坦及乌梁海逃众，康熙帝应允。这时俄罗斯帝国派以温阔夫斯基为首的使团来到准噶尔，诱使策妄阿喇布坦归顺俄国。

5月，康熙帝得到允禵的密奏，于是谕令大军暂停进剿伊犁。次年，清廷遣使持诏书安抚策妄阿喇布坦，正式停止对伊犁用兵。

雍正3年（公元1725年），策妄阿喇布坦遣使进京，清朝廷认为态度“甚属恭顺”，双方关系暂时缓和，于是清朝廷撤回了巴里坤的驻军。

雍正5年（公元1727年），策妄阿拉布坦病死，由其子－噶尔丹策零即位。

雍正8年（公元1730年），噶尔丹策零偷袭清军在阿尔泰山大营。

雍正9年（公元1731年）6月，噶尔丹策零在和通泊之战中大败傅尔丹率领的清军。

雍正10年（公元1732年），噶尔丹策零、小策零敦多布东征喀尔喀，进兵至克鲁伦河。6月，清额驸策凌在光显寺之战中大败准噶尔军，噶尔丹策零、小策零敦多布率领残部突围遁去。

雍正12年（公元1734年），噶尔丹策零遣使与清朝廷议和，双方大致以阿尔泰山为界划定边界，雍正帝准许准噶尔入藏煎茶。之后的25年，准噶尔与清朝廷都是相安无事的。

乾隆10年（公元1745年），准噶尔部爆发瘟疫，噶尔丹策零病死后，他的长子喇嘛达尔扎与次子策妄多尔济那木扎尔争位，使准噶尔陷入内乱。

乾隆17年（公元1752年），大策零敦多布之孙－达瓦齐在辉特部台吉－阿睦尔撒纳的支持下，继承了汗位。随后达瓦齐与阿睦尔撒纳反目相攻。因为准噶尔内乱不已，使原本附属于准噶尔的各部落，都纷纷转投向清朝。

乾隆15年（公元1750年）9月，原属于达什达瓦部下－宰桑萨喇尔，率先领部众投奔清朝。

乾隆18年（公元1753年），车凌、车凌乌巴什、车凌孟克率领杜尔伯特部内附。次年，辉特部台吉阿睦尔撒纳降清，被封为亲王。同时，清军还招抚了唐努乌梁海和阿尔泰乌梁海。

阿睦尔撒被纳入清朝后，将准噶尔部的虚实悉数禀告给清朝廷。乾隆帝认为攻灭准噶尔时机已到，谓“天与人归，机不可失”，乾隆帝力排众议，于乾隆20年（公元1755年）春，发兵出征准噶尔，北路军以班第为定北将军，阿睦尔撒纳为定边左副将军，西路军以永常为定西将军，鄂容安为参赞大臣，萨喇尔为定边右副将军，两路大军相约在博尔塔拉会师。

5月，清军进占伊犁。达瓦齐众叛亲离，率残部退至昭苏格登山。准噶尔降臣阿玉锡带领清军25人，夜袭达瓦齐大营，准噶尔军惊溃，数千人不战自降，达瓦齐仅带少数人仓皇南逃。

6月，乌什伯克霍集斯将达瓦齐诱擒后，缚送给清军，告示准噶尔汗国灭亡。达瓦齐被送往热河朝觐乾隆帝，被封为绰罗斯和硕亲王，居于京师。

清军平定伊犁后，西征大军陆续撤回内地，仅留下少量的兵力驻防伊犁、乌鲁木齐等地。这时的阿睦尔撒纳野心，又逐渐显露，但被班第等察觉。班第密奏乾隆帝，称阿睦尔撒纳暗中将投降清军的准噶尔部落收为己有，且不用副将军的印章，而钤盖噶尔丹策零所用的菊形小印，隐然以卫拉特四部总汗自居。乾隆帝却认为阿睦尔撒纳“不过希图肥己，不必过于苛求”。接着，阿睦尔撒纳的叛迹显著，乾隆帝命班第送其赴热河朝觐，令喀尔喀亲王额琳沁多尔济沿途护送。

8月，阿睦尔撒纳以暂归治装为由，将副将军印信交予额琳沁多尔济，潜逃至塔尔巴哈台，与其旧部相约反叛。伊犁的准噶尔宰桑锡克锡尔格等起兵响应。班第率五百人东撤，被叛军围困。清兵突围不成，班第、鄂容安自刭。萨喇尔丢弃官服，换上旧时的准噶尔衣冠逃逸，途中被叛军擒获。乾隆帝闻讯后大怒，将额琳沁多尔济赐死，以策楞为定西将军，派两路大军征讨阿睦尔撒纳。

乾隆21年（公元1756年）3月，策楞再次攻占伊犁。阿睦尔撒纳逃往哈萨克，受到右部哈萨克汗阿布赉的庇护。西征的清军主力随后撤回到内地。由于清军将领的指挥失当，多次追击阿睦尔撒纳不得，使准噶尔各部落产生了轻视之心。

12月，受乾隆帝册封的噶勒藏多尔济、巴雅尔举兵反叛，攻陷乌鲁木齐。驻扎伊犁的定边右副将军兆惠率少量的清兵东撤，在库尔喀喇乌苏的鄂垒扎拉图被叛军达什策凌围困。兆惠夜间率军突围，苦战后退至乌鲁木齐，得知乌鲁木齐已经失陷，继续向东撤退。途中遇到雅尔哈善派出的援军，于乾隆皇帝22年2月，退回巴里坤。

乾隆22年（公元1757年），阿布赉与阿睦尔撒纳反目相攻，阿布赉归降清朝廷，称臣纳贡。6月，阿睦尔撒纳逃入俄罗斯帝国，年底染天花而死。

乾隆23年（公元1758年）正月，俄国遣使告知清朝廷阿睦尔撒纳已死，随即清朝廷派人前往边界验看尸首。

乾隆帝以平定阿睦尔撒纳宣谕中外。

乾隆24年（公元1759年），清军剿除了叛军残部及逃亡的玛哈沁、天山北路底定。不久后，清军平定了天山南路，将整个新疆纳入版图。于乾隆20年（公元1755年）以后的归降者，改准噶尔为整个漠西蒙古部落额鲁特，就地安置，驻扎在新疆伊犁、塔尔巴哈台。投降清军的准噶尔、辉特部落大多被编入八旗察哈尔，早年率众来降的被安置在热河漠北。

自从晚唐时的安西都护府沦陷后，西域时隔千年再次被纳入中国政府的管辖内。