藏区分治是指清朝在公元1723年～公元1724年，出兵青海、征服西藏后，对藏区进行分而治之的行政区划，并拆分为青海、四川（川边）、西藏，并沿用至今。

元朝时，在藏区设置宣政院，由藏传佛教的帝师兼任领袖。

公元1637年，和硕特部首领－固始汗受第五世拉萨活佛的邀请，出兵西藏占领拉萨后，还帮助拉萨活佛平定了藏区各地的势力，成功建立甘丹颇章政权，之后又占据安多、康区，建立了和硕特汗国。

公元1716年，准噶尔可汗－策妄阿拉布坦发兵攻打西藏、占领拉萨，并杀死拉藏汗。康熙帝以西藏事务为由，在拉藏汗叔叔－罗卜藏丹津的支持下，清朝廷在公元1718年派兵从青海向西藏进军，但被准噶尔打败，导致全军覆没。

公元1720年，清军再次出兵，终于将准噶尔驱逐，并占领了西藏。

雍正帝在位期间，向康区派遣地方官员，还册封当地土司，但是这个举动遭到了当地土司的拒绝与反抗，以及和硕特部一族的抗议。

罗卜藏丹津希望清朝廷册封自己为藏王，但是遭到拒绝，朝廷反而转封康济鼐、阿尔布巴为贝子，隆布鼐为辅国公，颇罗鼐为一等台吉，由他们共管西藏的事务。

这引发了罗卜藏丹津的不满，于是在公元1723年，他联合青海的蒙古各部一起反对清朝，雍正帝派大将军－年羹尧、岳锺琪前去协助，罗卜藏丹津战败后，出逃准噶尔，这次叛乱以失败告终。

公元1724年，年羹尧向雍正帝提出《青海善后事宜十三条》，清朝廷照准施行，条约中规定青海蒙古人在黄河以北游牧，西藏人在黄河以南游牧，同时将西宁卫更改为西宁府，由甘肃省管辖，并设置青海办事大臣，统理青海蒙古诸旗、番人（藏族）的事务，还将传统的藏族地区－安多从西藏划出，并入青海，由清朝廷派驻的军政长官－西宁办事大臣管理。

年羹尧在《青海善后事宜十三条》中，还提出将康区拆分给西藏、四川（川边）两地管理的建议。

公元1725年，川陕总督－岳锺琪提出了更为详细的分割方案。经过议政王大臣的讨论后，雍正帝决定采纳岳锺琪的方案，以打箭炉（今康定）为界，以西地区赏赐给拉萨活佛，以东地区划归给内地管理，理塘、巴塘、察雅、昌都划归给四川川边，中甸（今香格里拉）划归云南。内地管理的藏族地区，由朝廷选出头目担任世袭土司。松潘镇总兵－周瑛奉命勘定疆界，以南墩、宁静山为界，竖立分界碑，岭东的巴塘属于四川川边，岭西属于西藏，宗吽察卡、中甸属于云南管理。

公元1903年，英国发动了入侵西藏的战争，英军入侵拉萨，以促使清朝廷重视对藏区的控制。

公元1904年（光绪30年），建昌道－赵尔丰向四川总督－锡良上“平康三策”，提出要对四川、云南境内的藏族土司进行改土归流，然后对当地进行开发并逐渐控制整个康区，再发兵控制拉萨活佛的领域用以制衡英国。

公元1905年，赵尔丰借着巴塘事变，废除了不少世袭土司。不久后，就爆发了辛亥革命，赵尔丰即被革命党擒获并处死，才使得改土归流告一段落。

清朝灭亡后，传统意义上的康区（川边）从西藏噶厦政府和四川省被划分出，并设置川边特别区，后来改置为西康省。这个举动遭到了拉萨第13世拉萨活佛的强烈抗议，直接引发了之后的康藏纠纷，其中西康省的昌都地区许多县，实际上一直被西藏噶厦政府把持控制。

1950年，西藏和平解放时期，在昌都地区设立了省级行政单位。

1956年，西藏自治区筹备委员会成立后，西康省被撤销，昌都地区和西康省的部分地区划归给西藏自治区，其余地区则划归给四川省，一直沿袭至今。