萨迦寺，藏文Sa skya dGon，英文Sakya Monastery，是位于日喀则萨迦县奔波山下的一座萨迦派寺院。

萨迦寺采用红色（文殊菩萨）、白色（观世音菩萨），青色（金刚手菩萨）涂抹寺墙，所以萨迦派又称为花教。

萨迦寺的萨意为土，迦意为灰白色，萨迦就是灰白土。萨迦寺分为南、北两寺，仲曲河横贯于两寺之间，北寺位于河北岸的本波山灰白土山岩之下，南寺位于河南岸的平坝之上。萨迦寺是萨迦派的主寺，在青海、甘肃、四川、云南、不丹、尼泊尔等地还有分寺一百五十座，僧侣一万多人。

公元1073年，吐蕃贵族昆氏家族后裔－昆·贡却杰布发现了本波山南侧的山坡上，土呈白色带有光泽、呈现瑞相，便出资兴建寺庙，建成后称为萨迦阔布，当时寺内设施十分简陋，也是萨迦北寺的前身，之后慢慢形成了萨迦派。

萨迦王朝时期，萨迦寺曾是西藏的政治、军事、文化中心，分别出现了萨迦班钦·贡噶坚赞、八思巴等著名人物。萨迦寺在汉藏历史、藏传佛教史都有着非常重要的地位，寺内所收藏的宗教、历史、建筑、雕塑等文物极其丰富，还被誉为第二敦煌。

萨迦派采用的是血统、法统两种传承方式。

贡却杰布圆寂后，由其子－贡噶宁布主持萨迦寺，因为贡噶宁布学识广博，使得萨迦派的教法趋于完备，所以被尊称为萨钦（萨迦大师），即是萨迦派初祖。贡噶宁布的次子－索南孜摩是萨迦第二祖。三子扎巴坚赞是萨迦第三祖。四子贝钦沃布的长子萨班·贡噶坚赞，简称萨班、萨迦班智达，是萨迦第四祖。

公元1240年，窝阔台之子－阔端决定召见萨班·贡噶坚赞。

公元1244年，萨班·贡噶坚赞率侄子－八思巴，启程奔赴凉州（今甘肃武威）。

公元1247年，在凉州与阔端会面，并致信说服西藏的各教派、贵族领主接受蒙古对西藏的条件，历史将这次的会见称为凉州会盟。

忽必烈统一中国建立元朝后，册封八思巴为帝师，并赐玉印，任职宣政院使以统天下释教（管理全国佛教事务）协助元朝管理西藏，及统领西藏十三万户。八思巴遵奉忽必烈之嘱，在西藏清查户口、制定法律，他还奉忽必烈之命创制了蒙古新字，又称八思巴字，促进了蒙古文化的发展。

公元1268年，正式在萨迦寺建立了隶属于宣政院的地方政权，八思巴成为隶属元朝的西藏地方行政长官，使得萨迦派的势力达到鼎峰。

公元14世纪后半叶，随着元朝走向灭亡，萨迦寺在西藏地位也被噶举派取代，但萨迦派依然被保存下来。

萨迦派协助元朝统领西藏的期间，使西藏结束了持续400余年的内乱，社会生产获得了发展，文化艺术繁荣昌盛，萨迦派的高僧在文学、史学领域都留下了许多的译著及作品，如萨班《萨迦格言》、八思巴《彰所知论》等。

在萨迦派不禁止僧人娶妻，萨迦派的主要修法是道果教授。

公元1073年，贡却杰布初建萨迦阔布，即萨迦北寺的前身，当时北寺的规模很小，结构十分简陋。贡嘎宁布对北寺的修建做出重要贡献，建造了拉章夏作为修法之所，之后还修建了古绒 建筑群，由护法神殿、塑像殿、藏书室组成。

北寺的主要建筑－乌孜宁玛大殿由贡嘎宁布建造，经由其子索南孜摩、扎巴坚赞等人扩建，后来又加上金顶。元朝时，在乌孜宁玛大殿的西侧又建造了一座八根柱子的配殿，称为乌孜萨玛殿。之后，历代萨迦法王先后在山坡上扩建了北寺，还增建了不少建筑，逐渐形成了逶迤重叠的萨迦北寺建筑群。萨迦北寺共有拉康（佛殿）、贡康（护法殿）、颇章（宫殿）、拉章（活佛宅邸）等建筑，共108座。

在八思巴被册封为帝师、统领西藏政教大权后，萨迦北寺就成了西藏地方政权机关的所在地。

公元14世纪以后，宗教活动中心逐渐转移到南寺，北寺没有增加大规模的建筑，直至近代更趋于冷落。

1950年，北寺已有很多的建筑坍塌。

1960年，北寺受到人为的破坏，大多数建筑仅存残垣断壁，只有贡康努、拉章夏、仁钦岗等获得修复。

公元1268年，八思巴委托萨迦本钦（即元朝西藏萨迦政权的首席官员）－释迦桑布主持兴建南寺，当时也有汉族工匠参与整体的施工。南寺经过多次的扩建、修缮，形成了规模宏伟的建筑群，平面呈方形，有高墙环绕。南寺城墙内最早的建筑是拉康钦莫（佛殿）。

因为萨迦王朝是政教合一的地方政权，所以萨迦寺除了寺院建筑外，还有不少官署、府邸的建筑群。

公元1268年，八思巴回到萨迦寺时，还为自己建造了一座拉章（又称喇让，原是指西藏宗教领袖住所，后来演变成宗教领袖办理政教事务的机构），专门管理其私人财物及相关事宜。

八思巴圆寂后，传至贡噶洛珠坚赞（14世纪前半期），萨迦昆氏家族分裂出4个拉章，拉章以父子相承，萨迦法王则由4个拉章轮流担任。

4个拉章分别是：细脱拉章、拉康拉章、仁钦岗拉章、都却拉章。其中拉康拉章位于南寺，其他3个拉章位于北寺。

公元15世纪时，有3个拉章绝嗣，只剩都却拉章－阿旺贡噶仁钦、白玛顿堆旺久两兄弟，他们为了争夺萨迦法王之位，互不相让，于是分别建造了彭措颇章（圆满宫）、卓玛颇章（度母宫），萨迦法王分别由这两房的长子轮流担任，他们的宫殿也成为萨迦寺建筑的组成部分。

1961年，萨迦寺被国务院认定为第一批全国重点文物保护单位。

21世纪初，国家文物局将萨迦寺、布达拉宫、罗布林卡共同列为西藏自治区的三大重点文物保护维修工程，随后成立了萨迦寺文物保护维修工程指挥部，负责萨迦寺维修工程的全面工作。

2005年至2007年，陕西省考古研究所与西藏文物保护研究所合作，对北寺遗址进行了全面考古调查及局部发掘。对南寺羊马城城墙及护城河遗迹、北寺的得确颇章遗址、乌孜大殿遗址、塔林的部分塔基进行发掘清理；对北寺的其他建筑遗迹－桑阿德吉林、东热布拉康等开展实地考古调查，并对其中4处进行局部清理。

另外还调查了现存的卓玛拉康、顿觉拉康、夏丹拉康、察姆钦拉康等建筑，这次全面发掘清理了遗址4处，调查遗址11余处，发掘过程中还出土了文物，其中包括佛教造像、法器、供器、陶器、瓷器残片、装饰品、工具、经书残页、擦擦等，共计发掘出土各类文物标本一千余件/组。

萨迦寺每年都会举办法会，最重要法会有：藏历5月举办祈雨节，藏历7月举办夏季大法会、跳金刚舞，藏历11月23日至10月29日举办冬季大法会、跳金刚舞。金刚舞表演时，僧人会头戴萨迦寺护法神及各种灵兽面具，金刚舞会有简单的故事情节，直接反映出在密宗神舞中杀灭魔鬼的基本内容。