萨迦北寺是沿着仲曲河北岸建造，建有古绒森吉亚尔布颇章、森康宁巴（旧宫殿）、努·曲美增卡典曲颇章（胜乐宫殿）、细脱格笔玛（细脱措钦大殿）、乌孜宁玛祖拉康、乌孜萨玛朗达古松殿、德却颇章（又称德确颇章）、朗杰拉康、都康拉康、玉妥拉康、夏珠拉康等主要建筑，还有细脱拉章、都让拉章、仁钦岗拉章、甘丹拉章、苏康拉章、仲琼拉章、扎木且拉章、堆敦塔、灵塔群、尼达拉章、夏旦拉章等附属建筑。

21世纪初，森康宁巴已经按照进行了原貌修复，整体高三层，其中底层以甲央修行洞及洞内的神水著称。四大拉章中，有3座分布在萨迦北寺：

细脱拉章是一个长方形的四合院，四层高，原来是八思巴管理卫藏13万户时的官邸，后来也就成了萨迦王朝的府邸。

仁钦岗拉章、都却拉章都是八思巴时期的建筑，规模很大。

修复建筑有：

森康宁巴（旧宫殿）、贡康努、拉章夏、仁钦岗（尼寺，专供尼姑修行）、白度母殿、甘珠尔殿、美琼护法殿、嘉央洛赛桑布灵塔殿、帕木竹巴修行洞、萨钦·贡噶宁布修行洞。

2005年至2007年的考古工作中，在北寺发掘了德确颇章、乌孜大殿，这两座建筑都为早期建筑。此外还对萨迦北寺的建筑进行了全面调查。

公元12世纪中叶，德确颇章由萨迦第二祖－索南孜摩建造，位于北寺建筑群的偏西侧，地势较高。德确颇章的建筑群现仅存残垣断壁，德确颇章遗址内的建筑大致可分成三组，呈品字形排列，南侧一组、北侧两组，分别编号是Ⅰ区、Ⅱ区、Ⅲ区，Ⅰ区是法王寝宫，由大厅、卧室等组成，大厅内墙局部留存有壁画，Ⅱ区是藏药加工厂，考古清理出加工藏药的工具及藏药原材料等，Ⅲ区是护法神殿，考古清理出了排列有序的护法神塑像残部，在Ⅱ区、Ⅲ区之间还发现了一处祭祀的遗迹。

在公元12－14世纪，乌孜大殿曾是萨迦寺的宗教活动中心，后来萨迦法王将中心转移至南寺后，乌孜大殿仍具有很重要的地位，乌孜大殿遗址位于拉章夏西侧的陡坡上。

1950年，北京大学的宿白先生对乌孜大殿进行了调查，并绘制了乌孜大殿的平面布局线图。

1980年，萨迦寺组织僧人对乌孜大殿的废墟进行挖掘，共清理出大型佛像4尊、灵塔11座、木雕护法神像等，现分别存放于南寺的普巴拉康、却惹拉康、灵塔殿、拉康拉章，其中供奉在却惹拉康的度母像高1.2米，面容姣好，体型修长，双乳浑圆，腰胯扭呈S形，还出土了大批经书残页，也收藏于南寺的普巴拉康。

在2005年至2007年的考古中发现乌孜大殿遗址分成两部分，上层是古绒颇章，下层是乌孜宁玛大殿，南侧遗址已经受到了严重的毁坏。在古绒颇章清理房间6间，在F1北壁上面有三个圆拱顶的小龛，原是供奉萨迦五祖的白衣三祖，F2是北寺的藏书室，出土了若干残毁的经书、原经书架的木板、佛像底座的鎏金铜皮，F3出土大批铁质铠甲、头盔片以及数量较多的铁箭头，据文献记载，作为护法神殿的两座小房子F4、F5是北寺最早的建筑群之一，始建于公元1073年，考古还发现了F5房屋四壁残留有简单粗糙的壁画，在古绒颇章东侧还发现了一处祭祀遗迹。在乌孜大殿清理出南北相连的殿堂2座，南侧是乌孜宁玛大殿，北侧是北佛堂。

对桑阿德吉林、东热布拉康、雄阿巴雄努拉康、冈嘎查巴祖拉康、杰尊拉康、通瓦顿丹、荣康、细脱颇章、尼德拉康、卓玛拉康进行了考古调查。现存的两层佛殿组合有卓玛拉康（度母殿）、江白央拉康（文殊殿）、次巴麦拉康（无量寿佛殿），这三殿的壁画保存比较好，绘制精美，其中卓玛拉康的萨迦法王夫妇供养图、度母救八难图，次巴麦拉康的萨迦法王世系图等壁画都是南寺少见或从未见过。

还对顿觉拉康、夏丹拉康（又称夏布丹拉康）、察姆钦拉康进行了考古调查。

北寺的西侧还分布着佛塔，形成了规模庞大的佛塔群，其中大多数的佛塔已经塌毁。

这次考古还将德确颇章遗址南侧、西侧的塔林分编为Ⅰ区、Ⅱ区，Ⅰ区有佛塔49座，Ⅱ区有佛塔66座，这次对德确颇章南侧紧邻的第1排佛塔9座进行了清理发掘，除了东面的大佛塔是独立建造外，其余8座是为了纪念佛陀一生的八件大事建造的八相塔（即聚莲塔、菩提塔、吉祥多门塔、神变塔、天降塔、和好塔、尊胜塔、涅槃塔），不过都已经残损，考古还发掘出土了大批红陶塔饰件及塔内装藏的擦擦。