萨迦南寺是建造在仲曲河南岸的玛永扎玛平坝上。据说，在选择南寺寺址的时候，僧俗众一致认为建寺一定要有防守、防火的功能，于是在本波山和巴钦颇章的顶上各架起一门火炮，朝山下射石头来选址，结果射出的一块石头落在大殿门前的左侧，另一块石头落在大殿广场的中央，当即涌出泉水，一致认为这是祥瑞之兆，就决定在这里建造南寺。

公元1268年，萨迦本钦－释迦桑布奉八思巴之旨，以杰日拉康为蓝本，设计、建造了拉康大殿，后来经历任本钦先后扩建。

南寺平面呈方形，建筑结合了汉、印、藏等地的建筑风格，布局类似坛城。

拉康钦莫大殿的内城墙四角有角楼，内城墙四面的中部都建有敌楼，内城墙的南、北、西三面无门，只有东面正中开有城门，外城墙称为羊马城，是呈回形的土筑城墙，墙体低矮单薄，东面曾经开有大、小两座城门，外城墙的北面紧邻仲曲河，东、西、南三面的外城墙有护城河壕沟。

2005年－2007年考古时，对南寺主要清理发掘了东面、南面、西面的羊马墙及护城河壕沟，还有东面的两座门址。羊马城城墙和护城河壕沟环绕在南寺内城的四周，羊马城墙直接建在护城河壕沟内侧上，和内城墙构成了立体的防御体系。

南寺的主要建筑有：

拉康钦莫大殿是南寺的主体建筑，殿内有108根巨大的圆柱，中间有高敞的天井，在1945年时大殿的周围被阿旺图多旺秋隔成了很多个殿堂，呈现为四合院式。大殿的殿墙厚实，收分较大，通体主色是赭红色，底色是灰色，上面衔接有黄白相间的带饰三条。墙饰红色（象征文殊菩萨）、白色（象征观世音菩萨）、灰色（象征金刚手菩萨），也是萨迦寺的标志。殿顶的四周用木质斗、横梁、间隔方椽向外伸檐，上面衔接有白墙及白玛草装饰的赭色殿顶，顶端的白玛草上镶有多种铜鎏金图案：东面是金色的双鹿听经，第一、二层间装饰着圆镜、海螺，南、西、北三面装饰着六字真言、圆镜等，殿顶装饰着幡幢，正面立有鎏金的宝瓶，两侧是孔雀、宝幢，其他三面都是角立宝幢、中立宝瓶。

拉康钦莫的大殿由门廊、大经堂、欧东仁增拉康、普巴拉康、次久拉康、格尼拉康、拉康孜贡康、喇嘛拉康、薛札拉康组成。

门廊位于东门，门前两侧是转经筒墙，门廊的柱上镌刻仰覆莲、花蔓，替木上镂空雕刻着大鹏鸟、宝轮、莲花、蔓草等等图案。门廊南侧是六趣图壁画，两侧的木框中有个转经筒，门廊前饰有白色的帷幔，黑色的垂幕。前门用圆木作框，条石作槛，地上铺有条石。内门是厅堂，2柱3间，中间左右两侧放有两排转经筒，南北两间供奉不动金刚、马头金刚，神态非常凶悍。厅堂向西开两门，门楣浮雕有菱形小格凹饰、莲花，圆雕壁绘有彩狮，两门向西的甬道两壁绘有四大天王。

大经堂朝向东方，自中心天井上3级石阶可到大经堂前廊，前廊有4根方形石柱，柱下有方形束腰覆莲基座，南柱替木上浮雕有2虎，北柱替木浮雕有双狮托宝；廊壁彩绘有不动金刚、马头金刚、仓巴、仓巴该钦、曲吉拉姆。大经堂内有40根圆柱（呈4×10排列），其中前排中间的猛虎载（相传是由猛虎负载而来）、野牛牵（相传是由一野牦牛用角顶载而来）、忽必烈柱（相传是忽必烈所赐）、墨血柱（相传是海神送来的流血之柱）被称为四大名柱。大经堂的中央开有天窗，天窗西面绘制了贡噶宁布之后的历代萨迦法王、卓弥·释迦益西、色堆贡日、象雄曲巴、金刚佛母及印度六大论师（多杰达关巴、比窝巴、那果巴、札玛茹巴、阿哇多弟、嘎雅达若）等55尊像；天窗的东、南、北三面都是玻璃明窗。天窗正面下方圆雕一排卧狮，中间饰以金黄色，其他皆饰以银白色，卷鼻环目，忿口舞舌，鬃毛披至肩部，四蹄曲缩。大经堂的西侧供奉12尊佛像、2座佛塔：主供佛陀（内供八思巴的骨灰与衣物）、阿旺图多灵塔、佛陀（内供萨钦·贡噶坚赞的骨灰）、佛陀（内供本钦·曲杰的骨灰）、金刚佛母（内供达玛巴拉的骨灰）、迥·图多旺久灵塔、文殊菩萨（内供夏尔巴堆果的骨灰）、释迦佛（内供本钦·仁钦坚赞的骨灰）、释迦佛（内供萨桑玛第班钦的骨灰）、释迦阿热玛（内供岗噶哇囊卡坚赞骨灰），大佛像下还供奉着很多的小佛像。经堂西墙、南墙、北墙是经书墙，经架直抵殿顶，架上的经书有用金、银、珍宝粉研成墨手写的《甘珠尔》、《帕巴杰东巴》金环经等佛教经典四万四千多部。

欧东仁增拉康位于拉康钦莫大殿天井的北侧，门朝南，内有8根长柱。拉康内悬挂着幡幢，四壁绘有壁画，内容是五方佛、三怙主、萨迦五祖等，东侧有11座灵塔（8座大塔，3座小塔），东侧从南至北折西依次是：强衮阿麦、嘎钦·图多旺秋、俄强·札巴洛追、嘉贝·索南旺布、贡噶旺嘉、索南旺布、贡噶扎西、索朗仁钦、贡噶洛追、图钦·旺堆宁布。仁增拉康的西侧是经书架，架上置有《甘珠尔》、《萨迦五祖传记》、《俄强·贡噶桑布传记》等。

拉康强位于欧东仁增拉康内北侧，内有12根圆柱（呈2×6排列），供奉6座灵塔，从左到右依次是：夏尔巴堆国、曲吉·旺阿朗杰、夏尔巴·仁钦坚赞、夏尔巴迥旦、夏尔巴·仁钦坚赞、夏尔巴迥旦、夏尔巴曲崩玛、香堆·曲巴扎西，壁画绘制了坛城、萨迦五祖、护法神、千佛、喜金刚等，其中以萨班会见阔端的最为珍贵。

普巴拉康位于拉康钦莫大殿南侧，两门，朝北，有10根圆柱（呈2×5排列），主供普巴，每年藏历7月8日－19日的普巴节就在这举行，殿内还专设了普巴坛城，主供色普、阳达、赤列三大普巴，南侧主供文殊菩萨，像内置有札巴坚赞的骨灰，由八思巴设计，尼泊尔工匠制作，左侧供奉佛陀，右侧供奉无量寿佛。大殿的西、南壁都有木格佛龛，佛龛内供奉佛陀、无量寿佛、观音菩萨、文殊菩萨、度母、金刚手菩萨、财神、胜乐金刚、密集金刚、能怖金刚、怙露依怙、般衮谢、萨迦法王等。东侧的经架上置有《甘珠尔》、《般若经》等佛经，南侧都是绘制于元代的巨幅壁画，内容以佛、佛母、护法神、喜金刚等。

次久拉康位于拉康钦莫大殿前厅二层北侧，横排列柱3根，门朝南，东侧有一小门通往内室。北侧、东侧的北端供奉5座灵塔，分别是白玛堆都旺久、特钦·扎西仁钦、官宁山沛罗布、札休·赤列仁钦、贡噶仁钦，塔座上浮雕着狮、宝轮、琵琶天王，镶嵌着绿松石、珊瑚、玛瑙、玻璃料器，塔瓶是用波谢饰以数十条 札哇札切或勒数条鎏金带饰，塔瓶前的佛龛内供奉着继塔主人，佛龛上雕饰大鹏鸟、摩羯鱼、龙、虎、狮、鸟等，还供奉莲师（内供山达·班钦温波骨灰及衣冠）、两尊空行佛母（一尊内供其美·索南仁僧白拉姆骨灰，另一尊内供达钦·索南旺波之女的骨灰）。殿内壁画是长寿三尊、萨迦法王、护法神、莲师、宁玛派的高僧等。

格尼拉康位于拉康钦莫大殿前厅二层南侧，门朝北排列2根圆柱，中间西侧有天窗。殿内南侧供奉2座灵塔（即增林图果旺堆、贡噶索朗）。东、南两侧分别供奉：贡嘎宁布（内供奉图旦克珠嘉措骨灰）、度母（内供奉贡噶仁钦骨灰）、金刚佛母（内供奉吉尊杰桑曲格尼玛骨灰）、文殊菩萨（内供奉班旦却朗骨灰）、尊胜佛母（内供奉其美·旦白尼玛骨灰）、3尊无量寿佛（其中1尊内供奉强白·欧珠嘉措骨灰），造像都是服饰华丽，端坐在双狮须弥座上，后有背光，背光上雕有大鹏鸟、摩羯鱼、龙女、力士、宝马、孔雀、瑞象、花鸟等。壁画绘制着长寿三尊、财神、强巴佛、墀松德赞、莲师、八思巴等。

拉康孜贡康（即护法神殿）位于拉康钦莫大殿第二层的西北角，门朝南，北壁主供怙露依怙泥像，还供奉般衮谢、吉祥天女等，壁柱悬挂着多追达巴、普巴、孜多杰那波、金刚持、布扎·米赤阿、嘎玛哇、堆杰等护法神唐卡，各护法神都以骷髅为冠，须发竖起，环目忿口，颈部系有青索，手持溢着鲜血的人头碗，东壁的还有马、羊、牦牛、乌鸦、狗等动物的白描。

喇嘛拉康位于拉康钦莫大殿第三层的西北角，门朝东，由经堂、佛殿、修行室组成，经堂居中，中间架设有天窗，四壁绘有壁画，内容是佛陀极乐世界、确贝拉姆（伎乐仙女）、萨迦法王及高僧、山水、瑞兽等，修行室内只可容纳1人静坐，佛殿南侧顶上开有亮窗，殿内主供俄强·贡噶仁钦、强白多杰等8尊像，壁画绘有萨迦法王、高僧及印度高僧等。

薛札拉康位于拉康钦莫大殿的南侧，门朝南，内有18根柱子（呈3×6排列），中间的2根长柱托起天窗，门廊壁绘制着佛陀传记、四大洲世界、六趣图等，殿内主供佛陀，左右两侧分别供奉强巴佛、金刚佛母、金刚持、度母、萨班·贡噶坚赞等，东、西、北壁的两端各有木制佛龛，内供奉37尊普贤大如来佛（贡日佛），壁画彩绘有圣僧图（东尊丹巴）、八舞女（扎西改杰）等。

拉康拉章位于拉康钦莫大殿的南面，拉康拉章又称为八思巴殿，由贡噶桑布主持建造，八思巴是在此拉章圆寂，门朝东二层高，下层是库房，上层由前廊、经堂、佛殿组成，大殿主供毗卢遮那佛，另外还供奉普贤、大日如来佛等，都是尼泊尔工匠制作。拉康拉章是藏式的平顶建筑，顶部装饰有幡幢，曾经修复与重建。