萨迦寺的文物很丰富，尤以佛经最为著名。萨迦寺的书籍文献集中收藏在北寺的乌孜、古绒藏书室，南寺的拉康钦莫大经堂。藏书总量约24000函，其中包括了《甘珠尔》、《丹珠尔》、《帕巴杰东巴》、《宗派源流》、《怛特罗部》、《道果》、《量释论》、《萨迦更崩》、《萨迦历任法王传记》、《普巴经》、《释迦传记》等，在这些经典中，很多都是珍本、孤本。

现代部分学者认为萨迦寺的藏书、壁画和敦煌媲美，并将萨迦寺誉为第二敦煌。萨迦寺除了三个较大的藏书室外，还有其他小殿及两个法王的颇章，也收藏了不少抄本、印本。

乌孜是萨迦寺最早的藏书室，据说在八思巴之前就已经放满了图书，在八思巴时期又收藏了少量的珍本图书，藏书室除了藏有大批古藏文抄本，还有很多的梵文贝叶经、汉文经卷等，这些经书分别用金汁、银汁、朱砂、墨汁书写。

古绒是萨迦北寺收藏天文、历算、医药、文学、历史等方面的藏文图书3000函，其中不少都是宋、元、明的手抄本、稿本，多数都由萨迦历代法王批注与校释的版本。古绒藏书室内绝大部分的藏书都是手抄本。书写时代稍晚于乌孜、拉康钦莫大经堂的藏书。另外，古绒还收藏了一部明·永乐八年附有御制后序的汉地印制《华严经》。

拉康钦莫大经堂是萨迦南寺收藏书籍数量最多的。据说大经堂的图书是八思巴担任萨迦法王时，集中全西藏书写家抄写而成。现在该经堂的经书墙中的藏书仍然保存完好，经堂后部及左右两侧靠墙处有通壁大书架，书架上放满经典，大小版本约2万多函，其中最大的一部是名为《八千颂铁环本》经书。

2005年－2007年考古其间，对1980年萨迦北寺古绒、乌孜大殿出土的经书进行了初步整理，共整理出各类经书92种，这批藏书主要是写本、刻本，写本《大密咒随持经》、《大随求佛母经》、《八千颂般若波罗蜜多经》等49种，刻本《大密咒随持经》、《百拜忏悔经》、《吉祥金刚爪经咒》等43种，另外还发现了法器图解、瑜伽图解、历法、佛经诵读标注、书信等残页。

萨迦寺收藏有八部贝叶经，以《八千颂般若波罗密多经》最珍贵。这些贝叶经都是长方形。经板及经书内彩绘了佛陀、菩萨、度母像，色彩十分绚丽，带有典型的犍陀罗风格，字迹工整有力。

萨迦寺还存有历史档案文件十几箱，据说很多是萨迦派执政时期的重要文件，其他多是乌拉差役、税收、封文、民间诉讼等文件。

萨迦寺还藏有印版2000多块，以萨迦历代史略、萨迦教主法王传记、萨迦传法记等印版价值最高。

萨迦寺还保存着元朝（中央政府）赐给萨迦地方官员的封诰、印玺、冠戴、服饰，也有宋、元时期以来的各类佛像、法器、供品、刺绣、瓷器、法王遗物等。

萨迦寺从萨班·贡噶坚赞后，就一直与元朝（中央政府）保持着密切的联系。萨迦地方政府官员直接由元朝（中央政府）任免。

昆氏家族曾有十多人担任元、明时期的帝师，还有数人与皇室通婚，元、明时的皇帝都曾敕封萨迦寺及昆氏后裔的大批印章和封诰，比如元代诏书、白兰王印、统领释教大元国师印、大元帝国统领诸国僧尼中兴释教之印、亦思麻儿甘万户府印等，其中历史悠久、高价值的文物是两颗印：一颗是玉质梵文印，另一颗是刻有汉、藏、蒙三种文字的铜质三体印，上刻汉文“成化二十一年九月礼部造”字样。

萨迦寺的佛像大约两万余尊，不少都是元、明时期的佛像，铸有“大明永乐年施”款识的铜佛像就有数十尊。萨迦寺的四件珍宝是：贡布古如（竹青白瓦巴从印度请来的依怙神像）、朗结曲丹（帕白洛扎瓦修建的佛塔，塔内经常出水，被视作神水）、文殊菩萨像（萨班的本尊，据说在此像前念经七天，就可打开智慧之门）、玉卡姆度母像（八思巴的本尊）。

萨迦寺的镇寺之宝是忽必烈赠给八思巴的一个黑木匣子，匣内有个白色右旋海螺，只在吉日才会打开黑木匣，捧出白色右旋海螺，并由高僧吹奏。

萨迦寺收藏的瓷器大约2000多件，多是元、明时期的瓷器，其中也有少量宋代瓷器。瓷器主要陈列在拉康钦莫大殿大经堂供台前的木格橱龛中，其他殿堂也有收藏。彩绘有宗教方面的图案，也有世俗方面的图案，还有山水、花卉等。

萨迦寺收藏的唐卡有3000多幅，在宋、元、明时期的唐卡有360多幅，其中以《八思巴画传》最为珍贵，原套是30轴，今只收藏25轴（流失5轴），这套唐卡描绘了八思巴一生的活动及业绩。另外，还有历代萨迦法王、高僧、佛陀、佛母、菩萨、度母、护法神等唐卡。

萨迦寺的壁画色彩鲜艳、画面生动，除了宗教内容外，还有还描绘八思巴往来内地与西藏、及在元大都受封的场面。

萨迦寺收藏萨班的袈裟/一件，翠红金丝缎面、红绸里、绣花鞋／一只，内地制作，还收藏了八思巴遗物：凉帽/一顶，鞋/三只，都是内地制作。

萨迦寺的壁画内容涉及宗教、文化、历史、社会生活等各个方面，主要呈现的是佛经、教义、历史故事、神话传说、昆氏史、萨迦史、山水、花卉、瑞兽、装饰图案等。

萨迦寺著名的壁画有：

金廓拉康坛城壁画位于拉康钦莫大殿三层西回廊的墙上，该壁画是萨迦寺至今保留最早且最完整的壁画，绘制于公元13世纪末。

金廓拉康共有壁画坛城63座，大坛城20座，分别是：密集妙吉祥金刚坛城、密集观自在坛城、密集不动金刚坛城、摩耶佛母坛城、喜金刚措金宗坛城、喜金刚米佛坛城、金刚界佛坛城、金刚空约坛城、胜乐金刚那布宗坛城、胜乐罗黑巴宗坛城、胜乐善巧成就旨坛城、胜乐坛城、金刚橛寻隆坛城、金刚橛坛城、金刚坛城、吉祥时轮金刚坛城、吉祥时轮坛城，小坛城43座分成两排：上排是笑度母佛母坛城等22座，下排是忿怒作明佛母坛城等21座，分布在大坛城的四周，相间衔有祥云、山水、佛陀、菩萨、侍女等。

昆氏世袭史画位于拉康钦莫大殿第二层回廊的北部，壁画在东壁及南、北两端，绘制的是昆氏家族肖像118尊，以天神基仁、昆邦杰、贡嘎宁布3尊画像最高大，其余肖像较小，分为四层排列在壁面上。萨迦昆氏家族自誉是光明天界的世系，是文殊菩萨幻化，基仁、裕仁、裕赛三昆仲被昆氏家族尊为始祖，依次延续到第118代后裔－阿旺·贡噶索南。

莲师传记画位于次久拉康西壁，描绘了莲师的降生、抵达印度、弘法、进入西藏、降魔、建桑耶寺等事迹。莲师的形相是头戴三角卷沿帽，顶上插有鹫羽，锁眉张口，怀抱骷髅魔杖，手持人头骨碗、忿怒相。壁画还描绘了莲师降生在一便莲浮现于湖中，周围有龙女、仙女、豹、虎、狮、孔雀、鹅、鸭、人等在欢呼，之后他被迎请到印度学经、四处弘法，公元8世纪时，莲师被墀松德赞邀请入藏，一路上遭遇妖魔、野牦牛、蛇蝎、猛狮、地方精灵的残害，莲师通过法力逐一将它们降服，莲师还建造了桑耶寺并广译佛经。

佛陀传记画位于拉康钦莫大殿内的大经堂东壁，描绘了佛陀的一生，分别是下凡入胎、腋下降生、七步生莲、比武伏象、王子出行、夜半逾城、六年苦修、降魔成道、传经弘法、历经十难、佛陀涅槃、八王分舍利等，左右两侧是站立像，右手垂施与愿印，左手在胸前施无畏印，其他6尊都跏趺坐，分别施与愿印、禅定印、降魔印、转轮印、说法印等。

萨迦寺的壁画中多用山水鸟兽画作铺底或反衬，散见于各个殿堂，包括虎图、狮图、四合睦、六长寿、圣僧图、松鹤图、瓶荷图等。