巴塘土司是清朝在康区巴塘（今四川甘孜巴塘县）设置的世袭土司，分有正、副二名，辖境包括了今甘孜州的巴塘、得荣，西藏的盐井县及芒康县的莽岭、竹巴龙、郭布三个乡，最强盛时期还包括了云南迪庆的中甸（今香格里拉）、阿墩子（今德钦县）。

巴塘土司与理塘土司、德格土司、明正土司合称为康区四大土司。

在元朝时，巴塘土司称为巴塘招讨司，后在明朝时被丽江土司吞并。

和硕特部－固始汗平定康区后，将巴塘地区归附于西藏政权统治。

公元1703年，第悉·桑结嘉措派遣陀翁布、扎西次仁为第巴，驻扎巴塘地区，这是巴塘土司的起源。

公元1719年，清朝廷派岳锺琪攻打藏区，将准噶尔部驱逐，清军在途径理塘与巴塘时，驻守这两地的西藏第巴都纷纷前来投降。

之后，清朝廷在巴塘设置了巴塘宣抚司，任命陀翁布为正营官（正土司），扎西次仁为副营官（副土司）。

清廷明文规定巴塘、理塘这两个土司是照流官例，开缺题补，但事实上土司一职却是由同一个家族世袭继承。

公元1725年，雍正帝在岳锺琪的建议下实行藏区分治，将巴塘、理塘从西藏划出归于四川管辖，土司由清朝廷直接任命，还将巴塘土司管辖的中甸、阿墩子划出归于云南管辖。

据《卫藏通志》记载，巴塘土司共管辖地方寨落33处、头人29名、百姓6920户和大小僧侣2110众，按年上缴粮食赋税、承当差役、挽运年糈等职责。

公元1903年，光绪帝委派驻藏大臣－凤全对康区进行改革，但是他野蛮干涉当地事务，还鼓动汉人移居康区进行开垦，必然引起了当地藏人的不满。

公元1905年5月，因为宗教和民族冲突引发了巴塘事变，最终导致了凤全在巴塘遇害。紧接着，巴塘土司与理塘土司联合抵抗清朝廷。

清朝廷命川滇边务大臣－赵尔丰率军前去镇压，巴塘正土司－扎西吉村（罗进宝）、副土司－郭宗扎保（扎巴吉村）等，全部被俘。

赵尔丰将正、副土司等人－剜心沥血，以祭凤全。

经过巴塘事变后，巴塘土司、理塘土司被赵尔丰改土归流，正式废除。