巴塘事变是指在1905年由藏传佛教僧侣主导的一系列仇外事件，其中包括虐待、枪决法国神父、屠杀更改信奉天主教的藏民、烧毁教堂、刺杀清朝廷驻官、攻击清朝廷驻军等，也是藏区历史上最大的一次宗教迫害事件。

巴塘事变起源于1905年4月2日，藏传佛教僧侣发起反天主教、反法国暴动，焚毁教堂等，并散播谣言称清廷驻西藏帮办大臣凤全是法国人派来的假钦差。4月5日，钦差大臣－凤全及随员50余人全被藏民伏击杀害。法国天主教神父苏烈、牧守仁被僧侣抓获，囚禁折磨两周后，于4月14日遭到枪决，此事震动了川藏，引发了清政府的大规模征剿，也成了设置西康省的导火索。

1903年，清朝廷下令改革川边、兴办垦务，招募勇士。

1904年5月，委派新任驻藏帮办大臣－凤全，驻扎察木多（今西藏昌都），他在前往察木多的到任途中，在巴塘停留了三个多月，他强力推行新政，并限制丁林寺的僧侣人数，此举致使寺院、土司感受到了威胁。

1905年4月2日，巴塘发生了暴动，僧侣开始焚毁天主教堂，法国神父苏烈、牧守仁一起逃进了土司官寨。

随后，暴乱者开始围剿、攻击钦差行辕，称凤全是洋人所派的假钦差，并杀死前来弹压的都司－吴以忠。第二天，凤全也进入土司官寨避难。土司－罗进宝、副土司－郭宗札保，劝凤全返回打箭炉（今四川康定）。

4月5日，凤全率卫队50余人离开土司官寨，在巴塘附近的红亭子遭到了藏民的伏击，并被杀害，法国神父牧守仁在逃跑时，也被杀害。

巴塘事变发生后，清朝廷非常震怒，即命四川提督－马维骐率5个营前去平乱，建昌道－赵尔丰为善后，迅速督办率2个营跟进，同时命驻藏大臣－有泰“审度事机、妥为安抚，晓谕藏番毋听谣煽”。

公元1905年5月，马维骐率清军向巴塘前进。在清军抵达康区后，侦察得知前数日有巴塘派来喇嘛头人于此调聚百姓，垒卡防守，暨见大兵前来，皆不愿应战，于前夜自行解散，并不像公禀那样甘愿先将地方人民尽行诛灭，鸡犬寸草不留，而清军只在沿途中遭遇了几次轻微的抵抗。

1905年7月28日，清军顺利抵达巴塘“擒两土司而诛之”。以八阁堪布为首的叛僧据守丁林寺。清军看见进攻受阻，于是便调集火炮进行轰击，寺中大殿中弹起火，全寺焚毁，八阁等被擒，余众逃往七村沟。马维骐派军“分剿七村，斩馘亦不少”。

8月初，赵尔丰所率的清军抵达巴塘时，马维骐“已火焚丁林，马踏七村”。接着，赵尔丰进驻巴塘后，“麻多哇等七村以愚悍听番僧驱使”继续顽抗。赵尔丰继续派兵三路进剿，血洗了七村沟，自此，结束了这场叛乱。

随后，赵尔丰开始清查户口，普查地亩，规定粮税，废除土司，并委任－吴锡珍代理地方的一切事宜，委候补知县－王会同为盐井委员，前往招安兼征盐税。

此次事变中巴塘正土司－扎西吉村（罗进宝）、副土司－郭宗扎保（扎巴吉村）等领袖，都被清军“剜心沥血，以祭凤全”。

巴塘事变使清政府进一步认识：经营川边、改土归流、建立行省的必要性和迫切性。

1906年秋，清朝廷任命－赵尔丰为川滇边务大臣，将土司一并改流，兴办屯垦、教育、开矿、招商、练兵等新政，筹建西康省。

赵尔丰以巴塘为基础，开始在康区进行改土归流、筹备建省的行动。

巴塘事变发生后，清朝廷以凤全－死事惨烈，深堪悯恻，仿效傅清、拉卜敦之例，在成都北郊建昭忠祠以祀，并赐谥－威愍。