改土归流又称土司改流、废土改流，是指中央政府废除原来统治少数民族的土司、流任流官，始于明永乐时期，直到清雍正时期大规模的推广与实行。

土司制度是在唐、宋时期，在羁縻(唐朝时对西南、西北等少数民族采取羁縻政策，承认当地土著贵族，封以王侯、开放贸易。到了宋、元、明、清等朝时称为土司制度)州县制的基础上发展而成，实质就是以土官治土民，承认各少数民族的世袭首领地位，给予官职头衔，以进行间接统治，由于当时中央政府的实力不够，敕诏命令实际上并没有得到实施。

因为有些土官是世袭制，恣肆虐杀百姓，所以致使边境为患，“汉民被其摧残，夷人受其荼毒”。在土司家族内部还时常发生械斗或战争，在清·康熙38年，东川彝族禄氏家族就因为争夺土府继承权，继而互相残杀。

中央政府为了完全控制西南少数民族，以解决土司割据的积弊的名义，从明、清两朝的皇帝起，就在酝酿如何解决这个问题。

改土归流一般采取两种办法：

一、从上而下，先改土府，后改土州，

二、抓住一切有利时机进行，比如有的土官绝嗣、后继无人、或宗族争袭，委派流官接任，土官之间互相仇杀，被中央政府平定后，也委派流官接任，有的土官犯罪或反中央政府被镇压，以罪革职后，则改由流官充任。

明·永乐时期，最早是在贵州实行改土归流，史称贵州建制。清·雍正时期，国力强盛，这时的清朝廷已有了足够的力量，去加强对少数民族地区的统治。

清·雍正四年（公元1726年），鄂尔泰大力推行改土归流，就是由中央政府选派有一定任期的流官，直接管理少数民族地区的政务“改流之法，计擒为上策，兵剿为下策，令其投献为上策，敕令投献为下策”、“制苗之法，固应恩威并用”。广顺长寨土司曾向清官兵挑衅，被清军打击后，设立为长寨厅（今贵州长顺）。

清·雍正八年（公元1730年），镇沅流官－刘起元贪婪无度，乌蒙土目－禄万福在乌蒙发动兵变，刘起元逃到荔枝河被杀，这时的滇、黔、蜀三行省接壤处的土司，纷起响应。鄂尔泰下令清军穷追严剿“分兵穷搜，务获得魁，尽屠丑类”，将所有的土司戮杀殆尽，最后招民垦种“给予田地、耕牛、谷种，俾得各安其业”。

清·乾隆初年（公元1736年），会泽“民夷商贾，四方辐辏，食货浩穰”。

改土归流涉及的地区与民族有：滇、黔、桂、蜀、湘、鄂省的苗族、彝族、布依族、侗族、白族、傣族等。在实行改土归流之前，云南土司就有47家。

新中国成立后，确立了民族区域自治制度，彻底废除土司制度。