​甘丹寺，藏文dgav Idan rnam tgyal gling，全称甘丹南巴结维林，意为兜率尊胜洲，又称为噶丹寺，清·雍正帝曾赐名为永泰寺。甘丹寺位于今拉萨东约40公里拉萨河南岸卓日伍齐山上，它既是格鲁派前藏三大寺之一，也是格鲁派六大寺之首。

公元1409年，札噶尔宗本（仲·任清）受第5世帕木竹巴（扎巴绛秋）的任命，先后资助宗喀巴建造了甘丹寺。

甘丹寺是格鲁派的第一座寺院，甘丹寺的主持称为赤巴（法台、座主），后来将宗喀巴的继承者称为甘丹赤巴，这是格鲁派僧人的最高职位，至今未断传承。截止到2022年，传承了104任甘丹赤巴，它的传承方式不是以活佛转世相续，而是经过层层考选，严格按照资历，阶阶递进升补。

上密院、下密院是地位对等的研习密宗的高级组织，比三大寺的密宗扎仓层次更高。在上密院、下密院修习的僧人可逐级升任为上密院、下密院的堪布，卸任后的堪布，称为堪苏。上密院的堪苏可升任补递为甘丹寺夏孜扎仓的法尊－夏孜曲杰（意为东顶法尊），下密院的堪苏可升任补递为甘丹寺绛孜扎仓的法尊－绛孜曲杰（意为北顶法尊），甘丹赤巴由这两位曲杰轮流担任。

甘丹寺的普通僧人称为扎巴，德高望重、学识渊博的僧人称为喇嘛。寺内能读经的僧人不多，多数都是从事杂务等活，学经的僧人称为贝恰娃，他们可以考取格鲁派的最高学位格西，再获得格西学位后，可以担任僧官、收徒、寺内职务等，还可以升入上密院、下密院修习密宗。

自从甘丹寺建成后，历经了多次的修缮与扩建，后有了拉基大殿、阳八殿、经堂、赤妥康、昂久康、厦孜扎仓、绛孜扎仓、康村、密村等。

拉基大殿又称措钦大殿，始建于1409年，它是全寺最大的集会殿堂，大殿底层后部正中建有佛堂，堂门上方是兜率天宫。进入堂内，前方置有宗喀巴的宝座，上方设有伞盖。堂后原主供奉弥勒倚像，后被改奉为宗喀巴像，将弥勒倚像移至左边。佛堂前的经堂宽敞，宽13间，深10间，有102根大柱，中间偏前减去6柱处是14间的大天井。经堂的前设与大天井相隔14间门廊。

阳八犍，位于拉基大殿的左侧，是甘丹寺专修密法的殿堂，竣工于1416年，后在1417年3月，召集了很多工匠师开始建造殊胜的造像。殿底层经堂之后主要佛堂偏在右侧，内供奉三世佛，后来移入其他佛像、佛塔多座。佛堂左侧另有护法堂，主奉三尊护法像。佛堂宽7间，深7间，有36根大柱，经堂后壁画是宗喀巴像，右壁画是佛陀说法，左壁中间是佛陀像，两侧是十八罗汉像。殿后墙处有一块软石，相传云石上可自现护法像。底层的护法堂收藏有多件乾隆御赐的甲胄，都是由第3世章嘉活佛从京城带回西藏。

司东康是宗喀巴的灵塔殿，塔内原封保存着宗喀巴的肉身遗骸，现存的灵塔，于1981年重建。自从宗喀巴的灵塔建成后，去世的历任甘丹赤巴都在此建有灵塔。截止到1951年，共有95座灵塔。

赤安殿是宗喀巴的寝殿。
厦孜扎仓、绛孜扎仓是学经单位，等同于佛学院。康村是基层的学经单位，也是僧侣们生活的地方。

甘丹寺还有札噶尔宗本建造的9层宫宇、僧舍和9个辩经场。

甘丹寺有许多珍贵的文物，其中以乾隆帝所赐的甲胄、唐绣，最著名。

每年的藏历元月，甘丹寺都要将这些唐绣请出晾晒及展示3周，后来成为惯例，后称为甘丹唐绣节。

每年的藏历10月25日，甘丹寺都会举行燃灯节。

西藏民主改革前，甘丹寺的僧员定额为3300人，可实际却多达5000～6000人。

甘丹寺的组织是喇吉、扎仓康村三级管理组织，喇吉是全寺性组织，康村是基层组织，扎仓介于这二者之间，喇吉的总领称为堪布赤巴。

1959年，甘丹寺成立了僧众民主管理委员会，寺庙的教务、学习、生产、生活等都由僧众民主管理。

1961年，甘丹寺被列为首批全国重点文物保护单位。

1966年8月19日，村民响应号召开始拆寺工程，从措钦大殿开始拆除，然后是一座又一座地僧舍被全部拆除，使用炸药是加速拆除工程，炸药引爆后接由人力继续将整座寺夷为平地，宗喀巴的雕像被藏了起来，其它的一切则全部被摧毁。

1969年，废墟再次遭到破坏，自此甘丹寺没有留下一石一木。

1980年，国务院拨巨款开始对甘丹寺进行彻底的修复，重修宗喀巴灵塔、重绘羊八犍经院壁画、重印了《甘珠尔》、《丹珠尔》、还维修了20多幢经堂、佛殿、僧舍。

1966年，在印度卡纳塔克邦穆恩德戈德又重新建造了甘丹寺。印度的甘丹寺与拉萨的甘丹寺设置一样，都有绛孜扎仓，英文Ganden Jangtse College、夏孜扎仓，英文Gaden Shartse Monastery。

2008年，有500多名僧人拒绝遵从格鲁派对多杰雄登的禁令，从而被甘丹寺勒令驱逐。

2009年，这些僧人在原甘丹寺的附近建造了新的夏甘丹寺，英文Shar Gaden Monastery，因为这些僧人都是来自夏孜扎仓，所以致使原甘丹夏孜扎仓无法维持、被迫关闭。