鸡鸣寺，位于今江苏南京城北鸡笼山东侧，寺址曾是三国东吴的后苑，东晋时期的廷尉属。鸡鸣寺始建于西晋·永康元年（公元300年）。

南朝梁大通元年（公元527年），梁武帝在台城北面兴建了同泰寺。同泰寺取自于以协同泰，寺院规模宏大，有6座大殿，9层宝塔，称为南朝480寺之首。梁武帝曾多次在同泰寺，舍身出家，大臣每次都要化重金把他赎回，同时为南梁的毁灭，埋下了隐患。公元549年，爆发了侯景之乱，侯景把梁武帝囚禁在同泰寺，最后把梁武帝饿死在同泰寺，同泰寺也随之而毁。

五代十国时期（公元922年），杨溥在同泰寺遗址修建了千佛院。

在南唐时，改名为净居寺，随后又改为圆寂寺，宋代称为法宝寺，明代改为鸡鸣寺。

明·洪武20年（公元1387年），明太祖下令在旧址上重建寺院，命名为鸡鸣寺，后来还把灵谷寺的宝志禅师法坛迁到鸡鸣寺。在明·宣德、成化、弘治年间，鸡鸣寺经过多次扩建，并成为金陵（南京）城内的第二大寺。

清·康熙帝、乾隆帝南巡经过鸡鸣寺时，分别题字鸡鸣古寺、古鸡鸣寺。

清·咸丰时期，鸡鸣寺毁于兵火；后在同治时期又重修，不过寺院的规模缩减，在光绪年间增建了豁蒙楼，后又建造了景阳楼。

鸡鸣寺现有大雄宝殿、观音楼、韦驮殿、志公墓、藏经楼、念佛堂和药师佛塔等。

后在大雄宝殿西侧新建了药师琉璃宝塔，高44.8米，塔内供奉一座明代铸造的药师如来青铜像，此像原供奉于北京雍和宫，后由经赵朴初先生申请、周恩来总理批准，于1972年移到鸡鸣寺，药师佛塔从第2层开始，每层都设有4个明代制的金丝楠木佛龛，每座佛龛里都供有楠木药师佛像，一共24尊。

观音殿内供奉的观音像面北而坐，殿门楹联为：问菩萨为何倒坐，叹众生不肯回头。

鸡鸣寺的最高处是豁蒙楼。

清末时，两江总督－张之洞曾多次与自己的学生－杨锐，一起登临鸡鸣寺。在戊戌变法失败后，张之洞在鸡鸣寺倡议修楼，并用杜甫诗句－忧来豁蒙蔽命名，以示纪念，后来他为此题记：胜地何常经浩劫，斯楼不朽奈名传。

鸡鸣寺东侧还有一口古井，相传是古胭脂井，原是南唐景阳宫的禁井，也是陈后主与贵妃张丽华的投井处。

隋·开皇9年，隋文帝发兵灭陈，隋军攻入台城时，陈后主与贵妃张丽华、孔贵嫔躲入这口胭脂井，后被隋军发现成为俘虏，古井又称为辱井。

1958年，鸡鸣寺改为比丘尼道场。

1973年，鸡鸣寺大部分建筑毁于大火。

1981年，南京市人民政府拨款对鸡鸣寺进行重修，鸡鸣寺还是全国重点寺院。