乾隆56年（公元1791年），赛赤活佛圆寂，第8世拉萨活佛再度执政。

同年五月，拉萨活佛令丹津班珠尔前往边境与廓尔喀密谈撤约事宜。

五月十一日，丹津班珠尔、扎什端珠布、札萨克僧人格桑定结从拉萨启程前往聂拉木，向驻藏大臣假称他们要去检阅军队与修葺庙宇，实际却是要继续与廓尔喀商谈割地赔偿。

丹津班珠尔等人认为这次携带半数的元宝，恐怕难以令对方撤回合同，决定再多携150个元宝上路，之后扎什伦布寺、萨迦寺、驻守聂拉木戴琫江结一并加入谈判使团。

六月上旬，丹津班珠尔抵达聂拉木充堆，格桑定结与扎什伦布寺、萨迦寺的僧人受却朱嘉措的邀请来到扎木（今聂拉木樟木）。

六月二十二日，丹津班珠尔、扎什端珠布、江结在充堆遭到了廓尔喀的突袭，他们被俘后就被押往廓尔喀都城阳布，之后，格桑定结、扎什伦布寺、萨迦寺的僧人、聂拉木教习军官王刚、冯大成等被拘押。

七月，廓尔喀再次入侵聂拉木、济咙，这次廓尔喀兵分三路：一路由噶箕达莫达尔·潘德率领，从济咙进攻宗喀；另一路由噶箕阿比曼·辛格率领，从聂拉木进攻定日；第三路绕过定日，经萨迦直趋日喀则。

八月三日，廓尔喀占领了定日、济咙。

八月十六日，萨迦沦陷，同日，保泰送年仅十岁的第7世日喀则活佛前往拉萨，命仲巴活佛留守札什伦布寺。扎什伦布寺僧人罗布藏丹巴与群僧占卜，得到了“不可与贼作战”的神谕。仲巴活佛遂遣人前往廓尔喀军营求和，使者却在半道上逃走，寺内外的3千僧人也纷纷逃跑，仲巴活佛也携带金银财宝等贵重物件，一共装了233捆，先行逃跑。

八月二十一日，巴姆·沙阿攻入扎什伦布寺，然而寺内就只剩下9人，巴姆·沙阿入住了活佛禅房，大、小头目分据各处，他们将金银佛像、供器、贮藏及灵塔镶嵌的珍珠、珊瑚、宝石等物，都全尽盗走，清廷册封第6世日喀则活佛的金册也被盗走。

九月初，廓尔喀进攻日喀则宗城，都司徐南鹏率80人坚守，击毙廓尔喀10余人，廓尔喀在围攻8个昼夜后，仍不能破城，决定携带偷盗的财宝退回到边境。

乾隆帝判定廓尔喀这次犯边，志在劫掠后藏的财物；这时冬雪即要到来，廓尔喀必定不会进军前藏，乾隆帝决定大举出兵，待来年春雪融化后，再攻入廓尔喀的都城，令其彻底臣服，不敢复萌故志。

九月二十五日，因为鄂辉等人的资望尚浅，乾隆帝召两广总督福康安来京。

十月，福康安抵京，授将军衔，督办西藏军事。以平台之役中福康安的副手海兰察、台斐英阿等为参赞大臣，率黑龙江索伦、达呼尔兵1千，从青海入藏征讨廓尔喀。

十二月，成德在聂拉木拍甲岭一役战胜廓军。

同时四川提督兼署成都将军观成带川军入藏，上命观成办理廓尔喀军务。

乾隆57年正月，成德收复聂拉木东官寨，斩获廓尔喀将领呢玛叭噶嘶、踏巴。

二月，川军攻克聂拉木西北的廓尔喀的碉寨，俘获了巴姆·沙阿的侄子咱玛达阿尔曾萨野，聂拉木全境收复。

二月八日－－十日，四川总督惠龄、参赞大臣海兰察陆续抵达拉萨。

二月十七日，福康安等领兵1千余人从拉萨启程，途经朗噶（今浪卡子）、江孜。

二月二十七日，福康安抵达日喀则，查看扎什伦布寺被劫后的情形。

三月十五日，乾隆帝加升福康安为大将军，令各军都受他的调度。

四月十八日，福康安、海兰察、惠龄由日喀则驰往江孜督运军粮。

二十七日，抵达定日的第哩朗古，与成德会合，福康安、海兰察等分头察看聂拉木、绒辖等地后，率主力前往宗喀，决定由济咙向南攻入廓尔喀。五月六日，福康安、海兰察领兵行至宗喀以南的辖布基，进攻擦木山隘（今吉隆宗喀镇南加木）。是日夜，清军乘雨分兵五路，海兰察居中，哲森保等由东西两山夹击廓军营寨，莫尔根保绕到营后偷袭。

初七日黎明时，清兵攻克济咙，斩杀了640余人，俘虏200余人。

初八日，清军进至玛噶尔辖尔甲（今吉隆镇西北），击溃由济咙前来迎战的廓军。

初十日，清军攻克济咙，自此，西藏全境收复。

五月十三日，福康安、海兰察率军从济咙启程，沿吉隆河东岸南下。

五月十四日，清军过藏廓边界的摆吗奈撒，进入廓尔喀境内热索瓦，与廓尔喀在热索河对峙。

热索河是吉隆河支流，河上有木板浮桥，称为热索桥。

廓尔喀在热索河北岸的索喇拉山上筑造了一座碉楼，南岸临河两座碉楼两座，然后把热索桥的木板撤走，凭河据守。

十五日，清军佯攻河北岸的廓军碉楼，实则是另遣金川藏兵翻越两座高山，绕道到热索河上游的六七里处，伐木做筏，渡河后沿南岸疾行，突袭临河碉楼，南岸的廓尔喀出卡抵御时，北岸的清军主力搭桥渡河，一举夺下了3座碉楼，后世称为热索桥之战。经过协布噜、东觉山等战，清军已经直逼廓尔喀都城阳布。

得知清军将至都城时，拉纳·巴哈都尔·沙阿逃往了临近的英属印度边境。留守阳布的王叔巴哈都尔·沙阿召见被扣押的丹津班珠尔，请求他转告福康安，廓尔喀入侵西藏是受却朱嘉措的唆使，并保证一定会归还扎什伦布寺的财物，愿意支付赔偿款。另一边，巴哈都尔·沙阿向英属印度求助，希望可以得到英国的武装支持。

印度总督康沃利斯侯爵考虑到如果公开支持廓尔喀，势必会使英国在广州的贸易受到影响，因此他拒绝了廓尔喀。后来康沃利斯发现这是控制廓尔喀地区商业贸易的绝佳时机，于是派海德拉巴邦的执政者詹姆斯·克尔帕特里率使团前往廓尔喀。

六月二十五日，廓尔喀大头目、小头目共4人、随从20余人，来到清军大营，将去年在充堆俘虏的丹津班珠尔、扎什端珠布、藏军营官聂堆、卢献鳞、冯大成等人送还。

福康安面谕廓尔喀大小头目，令他们遵守五条事宜，才准许投降：

一、廓兵须退出噶勒拉、堆补木、甲尔古拉、集木集等处山梁；

二、廓尔喀王拉纳·巴哈都尔·沙阿、王叔巴哈都尔·沙阿亲自前来；

三、将却朱嘉措尸骨及弟子交出； 

四、所掠之扎什伦布寺财宝全行归还； 

五、交出乾隆54年与丹津班珠尔私订的合同，不得再提西藏交付赎银之事。

清军把廓尔喀使者送还7天后，并无回音，而廓尔喀还占据着山头。

七月二日，清军进攻噶勒拉、堆补木。在进攻甲尔古拉山时，廓尔喀军队诱清军进入丛林，随后三面放火烧林，台斐英阿、阿满泰、莫尔根保、英贵、张占魁等战死，清军在甲尔古拉山击退廓尔喀数次进攻 ，后世称为帕朗古之战。

乾隆57年八月八日，廓尔喀管事头人第乌达特塔巴来到清军大营，请求归诚，并代廓尔喀王、王叔进京朝觐。十九日，福康安准其归降。二十一日，清军从帕朗古撤军。九月四日，清军撤回到济咙。清军撤退时，福康安派穆克登阿勘察西藏、廓尔喀的边界。

十月十五日，福康安来到拉萨，拉萨活佛率僧俗官员出来迎接。福康安在拉萨停留了4个多月，与惠龄、孙士毅、和琳共同拟定了《藏内善后章程》。

十二月二十三日，廓尔喀使者抵达北京，谒见和珅，次日，使者觐见乾隆帝。

二十七日，乾隆帝准许恢复拉纳·巴哈都尔·沙阿的王爵、巴哈都尔·沙阿的公爵名号，但是夏玛巴被钦定不准转世，弟子一律改宗为格鲁派。

经过这场战争，廓尔喀的势力受到了大大的削弱，之前被它摧毁的锡金，又得以重新复国，不过锡金还有部分领土仍被廓尔喀占据。

在廓尔喀与清朝议和后，克尔帕特里克率领的英国使团才到达廓尔喀，希望与廓尔喀商谈武装装备，巴哈都尔·沙阿拒绝了英国的建议，并把使团送出了廓尔喀。

虽然和约已经达成，但是西藏地方政府仍对廓尔喀保持着戒备。

第8世拉萨活佛希望可以联合廓尔喀的周围邻国一起进行对抗，还曾派遣代表团前往印度加尔各答，希望与英属东印度公司合作，以牵制廓尔喀。

在清代文献，把这次战役列为“十全武功”之一，清军从廓尔喀凯旋时，乾隆帝回忆了他在位后的数次在边疆地区的大型战役，因此作了《十全记》以作纪念：“十功者，平准噶尔为二，定回部为一，扫金川为二，靖台湾为一，降缅甸、安南各一，即今二次受廓尔喀降，合为十”。乾隆帝自称为“十全老人”。

中国学者把这场战役定性为廓尔喀对西藏的入侵战争，纯由廓尔喀挑起。

尼泊尔方面，认为廓尔喀在这次战役中表现英勇，由于清军队伍人数上的压倒性优势，迫使廓尔喀议和。尼泊尔人认为摄政王巴哈都尔·沙阿是一位伟大的军事家、政治家，尼泊尔能够困扰中国这样的大帝国，也能挫败英帝国，把曾经小国的尼泊尔领土扩张到如今的面积，这些成就都得于巴哈都尔·沙阿的果敢、智慧与远见。

尼泊尔学者承认这场战役由尼泊尔主动挑起，但是把第一次战争的起因归咎于西藏地方政府对尼泊尔使者的粗暴、恶劣的态度；第二次战争的原因归咎于西藏地方政府的背约；学者承认这是入侵战争，廓尔喀军曾对西藏进行过烧杀抢掠。