桑耶寺，藏文bsam yas dgon pa，全称桑耶米久伦吉朱伯祖拉康，藏文bsam yas mi vgyur lhum gyis grub bavi stsug lag khang，意为超想永固天成经堂，位于今山南桑耶境内的雅鲁藏布江北岸哈布山下，它是藏传佛教前弘期的中心寺院，寺院佛殿兼具汉、藏、印度三种风格，有时又把桑耶寺称为三样寺。

桑耶寺始建于赤松德赞时期，期间屡经废毁与修复。

据《巴协》记载，公元762年，赤松德赞亲自为寺院举行奠基，在莲师等人的主持下，持续了12年，直到公元775年才建造完成。

公元7世纪时，松赞干布修建了大、小昭寺，当时的寺院只是被王室用来供养佛像，或是给外来的游僧提供落脚点，寺内并没有修行的僧人。

公元8世纪末，吐蕃进入了鼎盛时期，由于赤松德赞笃信佛教，他延请印度佛教大师寂护、莲师相继入藏传法，并着手筹建一座寺院。之后，由莲师勘查决定建寺的地址，由赤松德赞主持寺院的奠基，由寂护设计寺院的规模。

桑耶寺是以印度的欧丹达菩黎寺为模本，表现了佛教徒想象中的世界结构：中心主殿是座三层大殿，代表须弥山，四方有四个殿，代表四大洲；四方四殿的各有两个小殿，代表八小洲，主殿两旁又建有两个小殿，代表日、月，寺内还有一些杂用房屋、塔等建筑群，全部的建筑围成一个圆形围城，代表铁围山，桑耶寺的整体，完全符合密宗坛城的形式。

桑耶寺开光后，由寂护担任首任堪布，后为西藏最早出家的七个贵族子弟授比丘戒，历史称他们为七觉士，这是藏人正式出家的开端，也是藏传佛教具足佛、法、僧三宝的开端。

最早桑耶寺是传授、翻译密宗典籍的场所，从根源上说，它是宁玛派的中心寺院。由于一场火灾，后由萨迦派出资修复，自此桑耶寺的一大部分就划归萨迦派掌管，只有护法神殿仍然归宁玛派掌管。

桑耶寺以北的北沟钦浦是全藏最著名的宁玛派修习道场，共有108处修习岩窟，至今还会有全藏各地的宁玛派僧人来岩窟修习。

乌策大殿又称多吉德殿，是全寺最高大壮观的建筑，面积约8900平方米，大殿坐西朝东，外观似有5层，实际上内部只有3层，每层高度约在5.5－6米。

殿堂的底层是藏式建筑，中层是汉地建筑，上层是印度风格，分别是三地工匠参与设计。

大殿外有一周回廊，开有东、南、北三个大门，东面门楼顶上装饰有经幡，门的左右墙上装饰有八吉祥，门楼与左右回廊相接，廊下有双排柱，廊壁上绘满了壁画。

大殿底层分为两个部分，前面是经堂，后面是佛殿，经堂面阔7间，深4间，左右两侧分别立着七觉士像。

佛殿四周绘制了千佛壁画，殿中供奉1尊用整块巨石雕刻出的佛陀像，据说是建庙时期就已经存在，在佛陀左右两侧各有5尊菩萨、1尊护法，都是近年来新造。

中层有佛殿和拉萨活佛寝宫，是汉地经堂式建筑，廊道上绘制了著名的《西藏史画》壁画，记述了藏地的远古传说：从神猴与罗刹女结合繁衍后代开始，直到第9世拉萨活佛时期的历史，殿堂内现供奉莲师、佛陀、无量光佛。

上层殿中有双排的回字形立柱，居中供奉大日如来，左右两侧有八大菩萨及欢喜佛，都是按照印度人的相貌塑造。

殿顶是金刚宝座式顶，中间三檐攒尖顶，四角都是单檐攒尖顶，为印度风格。

大殿东门前有一幢9层的展佛殿，每逢晒佛节，都会把佛陀绣像悬挂在高墙上，现只存有3层。

东门南侧树立有创建寺院的最早记录，现存的《桑耶兴佛证监碑》，碑中记述的是扎玛神殿。

大殿外还有象征四大部洲的神殿，正东是江白林，供奉文殊菩萨，正西是强巴林，供奉弥勒，正南是阿雅八津林，供奉无量佛佛，正北是桑结林，原供奉佛陀，现供奉千佛，壁画是佛母讲经。

大殿的四角有红、绿、黑、白四塔，象征四大天王。黑塔由条砖砌成，塔身如三叠覆锅，绿塔由绿色琉璃砖砌成，共三层，下两层四面各开龛室，顶层是覆钵式塔身，白塔的塔身是方形，腰部以上逐层收缩为阶梯状，塔基四周的方形墙上有108座小塔，红塔周身土红色并泛有光泽，形状类似方形实际上是圆形，宛如覆钟。

寺围墙长1008米，高4米，墙上每隔1米就有一座红陶塔，共1008座佛塔，墙的四面各开1座大门，东门是正门，还有经房、译经场、库房、僧舍。西南是赤松德赞王妃－－蔡邦萨·美多卓玛所建的康松桑康林，现存的是重修，但形制是旧式。

寺内藏有大量的泥塑、石雕、壁画，在各殿堂、回廊、甬道的墙壁上，都绘有壁画，题材主要是佛陀、菩萨、佛教故事和桑耶寺全景图等，另外还有西藏史记、莲师传记及反映风土人情、僧众生活等。

清代初期，桑耶寺遭遇了火灾，现有的建筑大多是在第6世拉萨活佛时期重建，第5世热振活佛摄政时期，也曾修缮过。

近年来，政府持续拨巨款对桑耶寺进行重点维修。1996年，桑耶寺被中华人民共和国国务院公布为第四批全国重点文物保护单位之一。

2005年，桑耶寺被评定为国家4A旅游景区。